1896年，张之洞调任湖广总督，黎元洪也随之返回湖北老家，继续效力。在甲午战后，鉴于旧式军队的拙劣表现，朝廷随后出台了编练新军的政策，其中便有南北两个试点，北是袁世凯的小站练兵，南就是张之洞编练的自强军。由此，黎元洪得到了张之洞的极大重视，并于1898、1899和1901年三次受命前往日本，考察学习东邻强国的陆军训练和军事工业等。

湖广总督张之洞对黎元洪颇为赏识，曾经赠给黎元洪一个“智勇深沉”的条幅，并上奏朝廷称其“忠勇可靠，堪当重任”。由此，黎元洪官运亨通，由帮带升管带、千总，再升守备、都司，随即又晋升为副将，成为武职中的从二品大员。1906年，清廷计划在全国范围内编练新军36镇，湖北的计划任务是两镇，当时暂时练成第八镇和第二十一混成协（相当于旅），前者由总兵张彪任统制，后者则由黎元洪出任协统，黎元洪也由此成为湖北军界中的第二号人物。

黎元洪是新派军人，对手下的士兵也还不错，但他在仕途上顺风顺水，因此对革命党原本并无好感。据曹亚伯在《武昌革命真史》中的记载，在武昌起义爆发后，黎元洪亲自坐镇第四十一标并令关闭营门，禁止士兵外出参加革命。其间，一个名叫周荣棠的革命士兵翻墙而入，前来四十一标联络起义，但很不幸被抓获，黎元洪为防止军心动摇，当即下令处决。直到午夜时分，革命党用蛇山和楚望台上的大炮轰击四十一标，黎元洪方知大势已去，只得打开营门，各自逃生。

黎元洪逃出营门后，来到幕友刘文吉家中暂避。在慌乱当中，黎元洪感到大难将至，他语无伦次地对刘文吉说：“我身居协统，如今部下兵变，死也是死，不死也是死。如果革命党失败，朝廷必定要重罚我；如果革命党成功，我恐怕也是性命不保，这下如何是好，如何是好？”刘文吉安慰他说：“现在事态不明，还是先观望一下好，说不定会有出人意料的结果。”

刘文吉果然有先见之明，在一夜激战后，革命党虽然已经取得胜利，但有个棘手的问题摆在他们面前，那就是临时指挥起义的首领都资望太浅，不能服众，而原先的那些革命党首领又下落不明，革命士兵们陷入了群龙无首的境地。

命运的改变也许就在不经意间。正当黎元洪惶惶不安的时候，革命党人已经探得他的下落，并决定由他来出任军政府的都督。黎元洪对此十分惶恐，连称：“莫害我，莫害我！”革命党哪里管得了那么多，大笔一挥，便在军政府的布告上签下了黎元洪的大名……这就叫霸王硬上弓，想不做都不行。

三天后，黎元洪也想通了，反正这“黎大都督”的名声已经传遍全国，认与不认已无区别，倒不如干脆就认了算了。于是，黎元洪积极投身革命事业，一举成为了首义元勋，并进而当上了民国的副总统。

黎元洪在袁世凯时期明哲保身，无所作为，但在袁世凯称帝并封他为“武义亲王”的时候，却能坚定共和立场，拒不受封，这也为他保住了政治资本。在袁世凯死后，黎元洪顺利地继任为大总统，这正是应了袁世凯的那句话：“今日之我，为的是将来之你！”

不过，黎元洪虽然贵为总统，但总理段祺瑞才是实权派人物。由于在多个问题上屡起冲突，黎元洪最后愤而将段祺瑞的总理职务免去，由此掀起了更大的政治风潮。在北洋系的督军宣称要独立的情况下，黎元洪只好请求张勋入京调停，不料张勋暗怀鬼胎，结果引发复辟丑剧，国会被解散，黎元洪也被赶出总统府，最后自请辞职并隐居天津五年之久。

中国有句古话，叫“风水轮流转，今年到我家”，在1922年直奉战争后，一个千载难逢的机会来临了。原来，直系大佬曹锟、吴佩孚势力相继逼走皖系段祺瑞和北洋元老徐世昌，他们为了扶持曹锟当总统，需要中间有个人来过渡一下，这找来找去，便以“法统重光”的名义找到了黎元洪的身上。

所谓的“法统重光”，指的是黎元洪在张勋复辟的非常时期离任大总统，因为是被胁迫的，所以不能视为自动离职，应该将他迎回并补满任期，等任期结束后再重新选举大总统；第一届国会也是被张勋非法解散，所以也应该重新恢复，大意如此。