这时袁世凯加紧推行南北议和。他一方面用民军压清朝皇室，迫使宣统退位；一方面又以北洋新军压民国政府。民国政府内部混进了许多立宪党人和清朝政府官员，这些人为了升官发财，闹着要孙中山交出总统职务，实现南北议和。孙中山看到推翻清朝的目的已经达到，为了大局，遂交出大总统一职。袁世凯当了第二任民国大总统，并把首都迁到北京。革命党人张振武、陈独秀眼看革命果实为奸雄袁世凯所得，不禁扼腕叹息。袁世凯得到密报，便把张振武骗到北京，宴席间掷杯为号，杀了张振武。陈独秀在安徽站不住脚，逃往上海，教书为生。袁世凯派心腹往各省接管省政权，只有江浙两省还是革命党人的天下。

陈独秀在上海教书度日，余暇时常想着：现在国家号称民国，怎么没有一点革命后的新气象？袁世凯为民国大总统，居然也仿效历代帝王，闹起了到曲阜祭孔的把戏，这是为什么呢？想来想去，他认为这是革命中人们忙于推翻清朝，忘了对国民进行民主科学的教育。国民性没有得到改造，所以对袁世凯搞的祭孔这些把戏，人们不以为怪，反以为是正常的事。想到这里，他决心创办一个杂志，宣传科学民主精神，进行国民性改造。

陈独秀到上海后，正值国民议会选举。同盟会这时已改组为国民党，宋教仁领导国民党开展竞选，居然一路顺利，稳操胜券。宋教仁也曾动员陈独秀参加竞选，独秀摇摇头说：“你想从袁世凯那里夺取总理宝座，不是与虎谋皮吗？

我劝你小心些，不要做张振武第二！”宋教仁见劝不动他，只好走了。陈独秀一面教书，一面四处奔走创办杂志，也就把这事忘了。

1913年3月20日，陈独秀出去办事，发现街上军警密布，气氛森严，不知出了什么事。第二天一早，报纸送来，头版赫然登着“宋教仁昨在上海东站被刺”。他不相信自己的眼睛，拭目再看，果然报纸上登着这条消息。原来宋教仁带领国民党参加竞选，大得选民拥护，已获得多数选票，眼看国民党就要成为国会中第一大党，宋教仁即将担任总理组阁。不意昨天来上海竞选，一下火车，即有凶手连开数枪，将他击毙，凶手乘混乱逃去。陈独秀看完报纸恨恨地说：

“这一定是袁世凯干的，他惯于用这样的办法杀掉政敌。”

过了几天，陈独秀又在《申报》上看到了名记者邵飘萍的一篇北京通讯，不禁大喊起来：“果是袁贼干的。”

邵飘萍是北京《京报》的馆主，又兼任《申报》驻京记者，长于采访。宋教仁被刺后，他用重金买通袁世凯的爪牙洪述祖的小妾，盗出洪述祖的日记，上面清清楚楚地写着袁世凯怎么下令，洪述祖怎么组织刺杀宋教仁的全部经过。

这篇通讯一发表，宋案真相大白。革命党人云集上海讨论对策。陈独秀拍案而起，大声疾呼：“诸君，我们牺牲了多少像邹容大将军一样的好同志，才推翻清朝。现在烈士坟上的封土未干，袁贼又向着我们杀来了。不推翻袁贼，革命就要失败。现在李烈钧主江西，我们在南方还有些办法，乘这个时机，我们再在南方起兵，讨伐袁贼，为烈士报仇。”大家一听齐声叫好，随后纷纷去江西江苏协助李烈钧起兵。临走时，大家问陈独秀：“独秀，你什么时候走？”陈独秀摇摇头：“我不走了。”大家不禁诧异。陈独秀解释说：“我留在上海，是要办一个杂志，痛骂袁贼。”大家这才恍然大悟，要他早日创办，为大家鼓气。

孙中山这时也从日本回到上海，领导国民党讨伐袁世凯。这年7月，李烈钧在江西起兵，号称“二次革命”。哀兵起义，士气高涨。袁世凯早已料到国民党会起兵，事先布置了军队等着。李烈钧组建的军队到底不如北洋军甲坚枪利，被北洋军打败。袁世凯这时志高意满，干脆扯下共和的旗帜，要人们写劝进表，推他当洪宪皇帝，复辟帝制。