为建立稳固的白人统治，该地区白人社团极力游说英国政府，呼吁在非洲建立两个自治领——一个在东部非洲，由肯尼亚、乌干达和坦噶尼喀组成；另一个在中部非洲，由南罗得西亚、北罗得西亚和尼亚萨兰组成。在东非，白人社团鲜有进展。在中部非洲，他们着力宣扬建立更紧密联系所带来的经济利益，强调他们对“伙伴关系”所承担的义务。尽管非洲裔居民不愿落入反动白人极力强化的少数白人统治之下，长期不懈地坚决反对他们的企图，但英国政府最终还是批准建立了罗得西亚和尼亚萨兰联邦。罗得西亚白人在解释“伙伴关系”概念时，总是谈及高等伙伴和低等伙伴，或者如南罗得西亚总理戈弗雷·哈金斯爵士更令人印象深刻的说法——是“马和骑马人之间的伙伴关系”。对英国政府来说，这一联邦的建立，似乎已将其发展“多种族”社会的战略向前推进了一步。

可是，肯尼亚爆发的一场反殖民统治暴乱，打乱了整个战略。战后头几年时间里，大批基库尤农民被逐出白人高地——那里有一片面积达1.2万平方英里的全国最好的农田，专门划归白人农场主耕种。由此引发的暴乱蔓延到其他地区的基库尤部族，蔓延到基库尤族“保留地”，那里长期存在的土地不公的矛盾积存已久。暴乱一直蔓延到了内罗毕，武装分子在那里建立起一个“中央委员会”，指挥开展暴力活动。

殖民当局对暴乱规模之大颇感诧异，下令全力予以镇压。他们将暴力活动归咎于民族主义领袖乔莫·肯雅塔，认为他是一个犯罪集团的罪魁祸首，利用魔法和强制手段为自己谋取权力和利益，于是紧锣密鼓地准备对他进行审判，以确认对他的指控。但是，镇压不仅没有粉碎暴乱，反而变成了一场货真价实的全面战争。在所谓“非常时期”的最严峻阶段，政府调集了11个步兵营、2.1万名警察，空军出动重型轰炸机，还招募了数千名非洲雇佣军，进行全面围剿。前后花了四年时间才将局势稳定下来。以如此巨大的代价，来保护肯尼亚有限的少数白人，英国官员们开始反思他们的战略了。

在非洲，没有哪一次反对英国统治的起义，像肯尼亚的茅茅暴乱那样声名狼藉。在之后的许多年里，人们谈论起非洲政治中隐含的返祖特性，总是把茅茅作为一个例子来引证。无论是白人定居者、殖民当局官员和传教士，还是英国政府，都一致把茅茅视为一个险恶的部落邪教，认为它控制着一批原始而又迷信、因突然接触到文明世界感到困惑不已的民众，又因那些野心勃勃、心怀鬼胎的政客们大肆蛊惑，这些民众越发迷惘和困惑。据英国殖民部在1960年发表的官方报告所称，茅茅是一个“以伪宗教、民族主义和邪恶巫术为基础、专门从事颠覆破坏活动的运动”。

面对这一威胁，白人社团既怕又恨，他们把全部的恐惧与仇恨强烈地发泄到肯雅塔本人身上。在殖民地非洲，肯雅塔个人所承担的骂名达到了无以复加的地步。关于他的一切一切——他对基库尤族的控制、他的眼睛所具有的催眠效应、他令人疑窦丛生的苏联之行、他在伦敦与左翼的密切往来联系——都加深了白人对他的憎恶感。联想到他漂流海外15年，于1946年回到肯尼亚，正是从那时起非洲动乱迹象日增，他们坚信，他带回了一个邪恶计划，暗中煽动、蛊惑基库尤族人起来赶走白种人。

英国官员也坚持这一看法。因“操纵”茅茅的罪名，肯雅塔被判处七年监禁。1960年，虽然一年前他已服完了整个刑期，但英国总督帕特里克·雷尼森爵士仍拒绝释放他，认为他是“领导非洲走向黑暗和死亡的人”，声称他仍对国家安全构成威胁。不久，英国人被迫释放了肯雅塔，而且，与对待其他民族主义敌手的做法如出一辙，转而对他的意见看法和领袖地位十分看重。尽管如此，肯雅塔仍然背负着茅茅的骂名，与茅茅的干系也一如既往受到诟病。但是，现实多多少少发生了变化。

在所有非洲民族主义领袖人物中，肯雅塔作为政治活动家的生涯是最富有冒险性的。他出生于1896年前后，在内罗毕附近的长老教会总部跟着传教士们读书，曾从事过各种杂七杂八的工作，后来做了基库尤人中央协会的专职秘书长。这个协会是由第一代基库尤民族主义者建立的一个压力集团，其主要宗旨是为解决土地不公问题开展斗争。受协会的委托，肯雅塔于1929年首次远赴伦敦，随身携带着就土地不公问题致英国殖民部的请愿书。伦敦的教会对他所从事的工作颇感兴趣，可对他的印象实在太糟糕了，不仅担心他蹩脚的英文，而且对他追求昂贵服装和淫荡女人的不良嗜好颇为反感，认为他还是尽快返回肯尼亚为好。然而，一位专门为共产国际搜罗人才的西印度人乔治·帕德莫在伦敦与他邂逅，发现了他所具有的潜质。到达伦敦后仅数月，肯雅塔就被安排前往欧洲和苏联旅行。1932年，他再度来到苏联，在莫斯科专门为来自殖民地的学员开办的革命学院——东方劳动者大学学习。

然而，当一名莫斯科培养的革命家，只不过是肯雅塔擅长扮演的诸多角色之一。1933年，他返回伦敦，在伦敦经济学院选修了布朗尼斯拉夫·马利诺斯基教授的人类学课程，发表了一份关于基库尤人生活与习俗的论文《面向肯尼亚山》。其间，他还在亚历山大·柯达的一部电影《河上紫檀》中临时客串了一个角色。二战期间，他撤到了英国苏塞克斯的一个村庄，在那里一边打工干农活，一边给英国部队讲课，甚至还自愿加入了英国地方军。从表面上看，他生活得就像在自己家乡一样惬意，无论是在苏塞克斯的酒馆里与乡民们闲聊，还是身著华丽的红色运动服，手持一把银头权杖，信步在皮卡迪利大街上。他在英国娶妻成家，妻子叫埃德娜，还生了一个儿子。