根据中央军委的建议，沈阳军区从值班部队中抽调了部分精干人员进入七里沁岛附近，进行反击准备。但苏方因东欧国家局势不稳而收敛了越界行为，直到乌苏里江春季开冰前，双方未发生武装冲突。

然而，1968年春夏以后，苏军飞机越过边境线进行侦察挑衅的事件却日益增多。对此，中国政府向苏联政府提出了抗议，但在边界上未采取射击行动。8月，苏联大规模入侵捷克斯洛伐克。随即，苏联领导人又想在边界上对中国施加压力。当时，苏联在中苏边界东段的军队有十多个师。中国正在搞“文化大革命”，军队大都忙于地方支左和制止武斗，边防线上只有少量守备部队和警戒部队，双方力量相差悬殊。另外，中共中央正在筹备召开九大。在此情况下，苏联边防军多次挑起了边界冲突。

1968年年底乌苏里江封冰后，珍宝岛成为双方冲突的焦点。12月27日，苏联边防军出动装甲车、卡车运载携带武器的军人登上珍宝岛，拦截上岛的中国边防巡逻队，并用棍棒殴打中国边防巡逻人员，中方人员用棍棒进行还击。在1969年1月23日的殴打中，中国边防人员有28人负伤，部分武器被抢走。进入2月份后，只要中国边防人员登上珍宝岛，苏军就立即进行干涉，而且苏军出动的人员往往是中方人员的2至3倍。从2月6日至25日，曾发生5起苏军殴打中国边防人员的事件。2月7日，还发生了苏军人员以冲锋枪向中国巡逻队方向发射6个点射的严重事件。但中国边防人员保持克制，并未开枪还击。

因苏军在珍宝岛一再挑衅，中方开始考虑采取必要措施进行还击。1969年1月25日，黑龙江省军区制定了在珍宝岛进行反对苏军干涉的方案，打算以3个连的兵力参加战斗，以一部兵力上岛潜伏，如苏方以武力强行干涉我巡逻分队执行任务，潜伏分队视情况给予支援。2月19日，总参谋部批准了黑龙江省军区的方案。

可以肯定地说，中方对苏军的反击是经过充分准备的。经中央军委批准后，沈阳军区作了周密部署，抽调精干小分队，准备对付苏军的入侵和挑衅。黑龙江省军区决定，在靠近珍宝岛的边防站成立临时指挥所，沈阳军区还成立了虎（林）饶（河）前线指挥部。中央军委、沈阳军区强调，自卫还击要严格限制在乌苏里江主航道中心线中国一侧，行动要迅速，不纠缠、不恋战，取得胜利后立即撤至有利地区。

3月2日，双方在珍宝岛发生了第一次武装冲突。当天，虎饶前线指挥部决定派出部队前往珍宝岛巡逻，并向中国一侧岸上派出2个步兵连、4个侦察排、1个无后座力炮排和1个重机枪排，秘密掩护巡逻分队，遇到情况时即可采取行动。上午8时40分，中国边防部队两个小组共30人前往珍宝岛巡逻。其中，孙玉国带领的第一巡逻小组上岛后，很快就被对面苏军发现。10分钟后，苏军立即从两个边防哨所派出70人，分乘2辆装甲车、1辆卡车、l辆指挥车向珍宝岛驶来，试图堵截中国巡逻队。

此前，苏军上岛阻拦中国边防巡逻队时，通常是手持棍棒，枪背在肩上，也不戴钢盔。但是，这一天，苏军手持冲锋枪，头戴钢盔，随时准备进入战斗状态。原来，苏军远东指挥部已下令，指示驱赶中国“越境”人员，必要时可以开枪。苏军上岛后，立即对中国边防巡逻队形成包围之事，企图迫使中国巡逻队后退。中国巡逻队要求苏军离开珍宝岛，苏军不予理睬，继续向前进逼。此时，未被苏军发现的中国边防第二巡逻小组突然出现在眼前，并从苏军侧翼穿插过来，挡住苏军的一支小分队。苏军发现中国军队早有准备，仓促之中向中国边防巡逻队开枪。中国巡逻队没有来得及展开，当即伤亡6人。中国边防军第二巡逻小组听到枪声后迅速还击，当场打死苏军7人。这时，正在珍宝岛中国一侧岸上隐蔽待命的部队，也奉命投入战斗。①