11月16日，河北省政府向国务院呈送《关于尽快实施南水北调工程的意见》报告。

1991年4月，七届全国人大四次会议将“南水北调”列入“八五”规划和十年规划。11月，水规总院和水利部南水北调办公室主持会议审查通过长江委《南水北调中线工程可行性研究报告》。

1992年10月，中国共产党第十四次代表大会把“南水北调”列入中国跨世纪的骨干工程之一。10月24日，国家计委在丹江口召开南水北调中线工程工作会议，六省市有关部门负责人和专家63人到会。

1993年1月6日，《南水北调中线工程可行性研究报告》正式上报水利部并抄报国家计委。

1994年2月28日，天津市政府上书国务院要求南水北调中线工程先行开工，5月，河北省政府再次上书国务院要求南水北调中线工程中段先行开工。

1995年2月，南水北调中线工程开始全面论证。同年10月，《南水北调中线工程环境影响报告书》通过国家环保局环评终审。

1996年6月3日，《南水北调工程论证报告》通过论证委员会论证，41位委员签字同意。同月，国务院组成南水北调工程审查委员会。7月5日，政协全国委员会办公厅向中办报送考察报告，提议南水北调中线工程优先，应于“九五”立项。

1998年2月，南水北调工程审查委员会在京召开第三次全体会议，审查通过了《南水北调工程审查报告》，确定优先实施中线工程。

2000年10月，国务院总理朱镕基在“国务院南水北调工程座谈会”上强调，南水北调工程的规划和实施要建立在节水、治污和生态环境保护的基础上，实施南水北调工程，务必做到“先节水后调水、先治污后通水、先环保后用水”，即著名的“三先三后”原则。12月，水利部与国家计委联合建设部、国家环保总局、中国国际工程咨询公司在北京召开了南水北调前期工作座谈会，布置开展南水北调城市水资源规划工作，在南水北调城市水资源规划和南水北调工程规划的基础上，由水利部编制《南水北调工程总体规划》。

2001年9月4日，国务院副总理温家宝指出：(南水北调)要充分考虑调水的经济效益、社会效益和生态效益，对东、中、西线工程要进行全面规划，科学论证，慎重决策。11月14日，水利部正式宣布：南水北调工程12个专项规划、45个专题研究报告全部通过专家审查。12月10日，中央政策研究室、水利部、国务院体改办、国家计委、中国社会科学院等部门和有关单位30余位专家组成的专家审查组对水利部发展研究中心所作的“南水北调建管体制及水价分析报告”进行了审查，审查结论是：两个研究报告思路清晰，资料翔实，方法合理，成果可信，达到了工程规划阶段的深度和要求，在进行必要的修改后可作为南水北调工程规划的附件。

2002年5月，国务院副总理温家宝专程考察南水北调中线工程。6月19日，《南水北调中线一期工程项目建议书》审查会在北京召开。水利部、长江水利委员会、黄河水利委员会、海河水利委员会，北京、天津、河北、河南、湖北、陕西等省的计委和水利厅（局）等单位的领导、专家和代表参加会议。经审查，基本同意该项目建议书。

2003年2月28日，国务院办公厅下发《关于严格控制丹江口水利枢纽大坝加高工程坝区和淹没线以下区域人口增长和基本建设的通知》的12号文件。

2005年4月29日，丹江口水利枢纽大坝加高工程得到国务院批复。9月26日上午10时30分，南水北调中线工程丹江口大坝的加高工程正式启动。

2007年3月7日，丹江口大坝加高工程第一仓混凝土率先浇筑。7月8日，丹江口大坝加高工程率先达到加高设计高程176.6米。