1966年年底，包括叶剑英在内的几位元帅以及军委各总部的负责人开始遭到“造反派”的围攻，性格直爽的陈毅首当其冲，叶剑英也被迫在军校师生大会上作“检讨”。其后，“造反派”数次酝酿揪斗陈、叶，被周恩来出面制止。只是保了元帅，保不住将军。为挽救大量遭到迫害的军事将领，叶剑英在军事科学院内的二号楼成了老干部们的“庇护所”。

1967年，从中央到地方各级党政部门全部瘫痪了。2月，在中南海怀仁堂周恩来总理召开的一个会议上，叶剑英责问“中央文革小组”一伙：“你们把党搞乱了，把政府搞乱了，把工厂、农村搞乱了，你们还嫌不够，还一定要把军队搞乱！这样搞，你们想干什么 ”

在京西宾馆一次军事会议上，一向温和儒雅的叶剑英突然发火，猛击桌子，小拇指被拍断了，后来这被定为所谓的“二月逆流”。此后，叶剑英因“二月逆流”问题，不再担任军队的重要工作。