在旅顺问题上，斯大林坚持军港由苏联人管理，而行政权则属于中国。关于中东铁路，斯大林不同意将其归还给中国，因为“这些铁路是俄国人用资金修建的”。他提出中东铁路和南满铁路干线的所有权应该归中苏两国，包括与铁路直接有关的附属事业及苏联以前经营的铁路沿线小煤矿。但斯大林坚持将日本开采的煤矿排除在外。

关于大连港的国际化问题，斯大林指出，所谓“国际化”是指“应由中国和俄国来控制，并不涉及他国，俄国应有优越的利益，并应由俄国的一个管理机构。”港口的利润一半归苏联，一半归中国。

宋子文主张大连港应该是在中国管理下的自由港，而由“俄国进行某些技术上的协助，同时俄国有充分权利自由使用该港。”

至于旅顺港，蒋介石曾指示代表团不能使用“租借”的名称，因为这两个字是“帝国主义侵略他人的一贯用语。”所以，斯大林同意不用“租借”这两个字，而商议出一个中苏“两国都能够据以获得海军便利的办法”。他还提出，中东铁路、大连和旅顺的协议期限为45年。

不过，在东北主权问题上，斯大林的声明使宋子文多少感到了一些宽慰。他承诺苏联红军进入东北后，国民党代表将“随同去组织政府”。而且，苏联在中国东北没有驻扎军队的权利。

从宋子文事后给蒋介石的电报来看，当天的谈判在东北问题上较“苏方原提条件让步甚多”。至此，“大问题业已大致解决”。但是，在旅顺军港由苏联人管理及30年期限问题上，斯大林“不肯让步”。宋子文表示，其他问题如铁路及大连自由港的管理等，在不得已时只好“酌量迁就”。谈判之所以会在港口和中东铁路问题上遇到困难，原因在于“斯大林的要求范围比以前还要大”。

宋子文在谈判中故意使铁路和港口问题悬而不决，是想听一听美国的意见。他要求哈里曼把中苏双方在这两个问题上的分歧转告杜鲁门，希望美国政府对雅尔塔协定有关大连、旅顺、中东和南满铁路条款的解释如实告诉蒋介石。

作为雅尔塔协定的签字国，华盛顿一直关注着中苏谈判的进展情况。关于大连和中东铁路问题，美国希望中苏两国之间的任何协议都将“保证一切爱好和平国家的国民对大连海港的设备有平等使用的权利，对铁路运输的特权得以共享”。至于斯大林提出的中国东北主要铁路的所有权归属苏联的要求，杜鲁门强调说，美国对雅尔塔协定的了解是：“苏联和中国应当共同经营这些铁路，并没有条文规定所有权专属苏联。”美国尽管表示不打算参加大连的行政机关或者管理，但希望中苏达成涉及大连和其他任何有特别安排的地区的协定时，“应当遵守有关国际商业来往中的公平原则。”