戴笠刚一死去，尸体尚停在南京办事处，军统内部即发生了争权夺利的一场极为激烈的斗争。以郑介民、毛人凤、唐纵三人为首的特务头子，马上形成了军统内部的广东、浙江、湖南三派。一些广东籍的大特务和曾经留学苏联与一向在二厅搞军事情报活动的都慢慢集中到郑介民这一方面；而一些原在军统内部工作与江山籍和各个特务训练班毕业的都被毛人凤拉到他的手上；另一些湖南籍的特务和过去对毛人凤不满，与郑介民关系不深的都投到唐纵这一方面。还有一批则几方面都敷衍，几方面都不得罪也不参加，而自认是中间派的，所以实际上是等于分为四派。

当时国民党内部一些上层人物中，除极少数的几个如宋子文、何应钦、胡宗南、汤恩伯等对戴笠死后的军统仍然支持外，其余多借此机会对军统攻击不遗余力。比如陈诚，过去一向不满军统和戴笠，因他希望自己所领导的张振国特务系统壮大起来与军统相抗衡。他公开骂军统特务横行不法，说军统领导的特务武装是游杂部队，要全部编遣，不承认军统局自己提升的特务们的军阶。他继何应钦任军政部长后，对军统经费和粮服等方面经常发难，不像何一样给予特别便利。还比如说孔祥熙，因戴笠杀了他的亲信林世良，不但恨戴笠，也不满军统，公开提出要缩减军统的费用。再加上过去一直在与军统争宠信争权利的CC系和中统特务、宪兵等方面，也莫不趁此机会群起责难。蒋介石虽一再出面袒护，但终因过去目标太大，得罪国民党内部的人也太多，最后毛人凤也不得不接受郑、唐两人意见，正式提出缩编计划，实行汰弱留强。

过去在军统局的几万名特务被分为“核心”、“基本”、“一般”三种：所谓“核心分子”大多是抗日战争以前参加军统的老特务；“基本分子”则指军统各个特务训练班毕业的特务；“一般分子”便是抗战期间所吸收的，由士兵提升起来，以及在各公开特务机关中工作很久、被调进军统去工作而参加军统的。还有一些是在军统外勤单位服务、或者被利用工作过的，他们在军统中的时间大多不长，担任的职务也不是很重要。所以在缩编中，绝大多数是从一般分子开刀。过去戴笠引以为荣的“军统大家庭”是许多人都羡慕的“金饭碗”或者“铁饭碗”。这次也是一样被打破了。当时中央训练团军官总队，便前后收容了四五千在重庆一地缩编下来的军统分子。军统最后改组为“保密局”，正式退出历史舞台。