蒋介石本来就想栽培儿子，今见蒋经国亲自说项，更认定叶翔之可以重用，当即便同意蒋经国的请求。不曾料到，蒋经国手握尚方宝剑前脚刚走，毛人凤随后便把叶翔之的材料送来了。

不料蒋介石看完材料后却大为生气：“你们到底怎么搞的？叶翔之明明是一个好官员，为什么非要整他？”

毛人凤哪敢置辩，灰溜溜地走了。他再一次领教了蒋经国的厉害，终于明白他自己是斗不过蒋经国的。他有点绝望了。

心灰意冷的毛人凤突然想到了宋美龄。自从“打虎”事件后，宋美龄和蒋经国因为权力之争，已渐生龃龉。她知道蒋经国上台，对宋家人十分不利。而毛人凤的特务系统好歹是一个独立存在的势力，有他存在，多少可以牵制蒋经国的行动。所以宋美龄答应了毛人凤的请求，替他在蒋介石面前说了好话。经过宋美龄的调解，蒋经国总算收回了要搞垮保密局的打算。然而，他和毛人凤之间的关系却一直十分紧张。

1954年，蒋介石再次改革情报系统，一方面设立以郑介民为局长的“国家安全局”，撤掉“总统府机要室资料组”，该局直属于蒋经国任副秘书长的“国防安全会议”，由于主席和秘书长都是兼职，蒋经国成为“国家安全局”的实际领导者；另一方面以原保密局为班底分别设立仿照美国“中央情报局”（CIA）模式的“国防部情报局”和仿照美国“联邦调查局”（FBI）模式的“司法行政部调查局”。

此外，像宪兵部队、大陆工作会、海外工作会、驻外武官处等情报机构均定期向“总政治部”及“国家安全会议”报告，接受督导。至此，蒋经国成为全岛超过5万特工人员的“共主”。蒋经国掌握的情报系统，严格执行蒋介石“保密防谍”的旨意，延续了1949年5月以来的“非常戒严”气氛，甚至有过之而无不及。

毛人凤侥幸逃过了被清洗的劫难，却再也无力挽救军统的衰败之势了。蒋经国取代了他成为了台湾的“特工王”。

毛人凤哪里是个轻易被放平的人，眼看自己几十年苦心孤诣营造的特工系统日益消散，不禁毒气攻心患上肝癌，到医院检察已成晚期，无药可治了。老蒋念及他毕竟为他的“党国”效过力，就送他到美国治疗，无奈癌症已到晚期，不久病情恶化。1957年毛人风在台湾满怀着对人民对共产党的憎恨之情，也怀着对自己权力丧失的遗憾，走到他罪恶一生的终点。