那时全国实行科举制度，读书人从小在“私塾”、“家馆”熟读《四书》《五经》，练习八股文和试帖诗，辛苦应试，侥幸取得秀才、举人的头衔，以提高社会地位。所谓“出路”就是读书做官。传统教育主要是“州学”、“府学”、“县学”以及“书院”。周豫才想出外求学，家里却出不起钱，因为家境实在困难，只能进公费的洋务学堂了。新式的洋务学堂寥寥无几，只有天津的北洋水师学堂、武昌的自强学堂、南京的江南水师学堂和陆师学堂、福州的福建船政学堂等处，都是官费供给。

正好来了个机会，南京江南水师学堂有一位本家叔祖，在那里当“管轮堂”监督（即轮机科舍监）。

戊戌年（1898）周豫才17岁时，母亲鲁瑞变卖首饰筹集8块银圆的路费（当时1块银圆约相当于百年后人民币400元），供他到南京考入江南水师学堂，免学费、膳费，每月还有少量津贴。周豫才到南京去投奔本家叔祖，暂住在他的后房。

可是这位“管轮堂”监督有点顽固，他虽然以举人资格担任了这个差使，但总觉得子弟进学堂“当兵”不大好，至少不宜拿出家谱上的本名来，因此就给他改了名字“树人”，出于“百年树人”的典故。周树人于戊戌年（1898）闰三月经过杭州往南京，十七日到达，目的是进江南水师学堂。四月中考取了试读生，3个月后正式补了三班。

除了学费、膳费全免以外，实习期3个月内有津贴300文（相当于3角银洋，即今人民币60元），以后逐渐增加，第一年有2两银子（当时1两＝1000文）。约合1995年人民币200元、2010年人民币400元。这比首都的京师大学堂或同文馆待遇要低一些。

据《朝花夕拾》上所说，每月可得津贴银叫做“赡银”。水师学堂系用英文教授，需要九年才得毕业，前后分作三段，称为三班，每三年升一级，由二班以至头班。周树人在那里总觉得不大合适，可是无法形容出来，“现在是发现了大致相近的字眼了，乌烟瘴气，庶几乎其可也”。后来他从水师学堂退学，改入陆师学堂附设的矿路（矿务铁路）学堂，仍用“周树人”这个名字。

转入矿路学堂以后，1902年1月毕业。在这期间有一件值得注意的事，就是他从微薄的津贴中用500文（5角钱）买了一本严复译述的《天演论》。