“御家人”服于源赖朝的管理。但他一死（公元1199年）各豪族就恃功互争权势与领地。北条时政与其子北条义时等正面拥立第二代将军源赖家之母北条政子（源赖朝之妻，北条时政之女），压制源赖家，并决定以北条时政等13人的集体意见来裁决“御家人”的诉讼。源赖家对此进行反击，并欲削减各豪族的领地而将其重新分予近臣。

从此，将军家族内部之争以及北条氏与其他武将们的流血斗争就混战不已了。在这场斗争中，从源赖朝举兵以来各豪族的功臣名将梶原景时、比企能员、畠山重忠与和田义盛等各族相继被消灭，将军源赖家的长子源一幡及源赖家本人都遭杀害。公元1203年，源赖家之弟源实朝就任第三代将军。他曾想压制北条氏以接近京都朝廷并憧憬公家文化。这就引起了拥立他的北条政子们的不满。北条义时消灭和田氏，兼任“政所别当”（即后来的“执权”官)与“侍所别当”，掌握幕府全权后，唆使源赖家的遗子源公晓为报其父之仇，在鹤冈八幡宫杀害了源实朝。随后，北条义时又以杀害朝将军之罪，杀了源公晓（公元1219年）。源赖朝之子孙就此全绝。被敬畏为尼将军的北条政子及其娘家的北条氏就篡夺了幕府。

承久之乱

源赖朝死后的20年间，幕府内部不断的斗争屡屡诱发了地方武士的大小叛乱，但都被轻易地镇压下去。这时，公家方面，由后鸟羽上皇执掌“院”政。他见到幕府的内讧与各国武士的叛乱，认为这是推翻幕府的绝妙良机。后鸟羽院说通了南都北岭的僧兵，依靠公领地与庄园的非御家人的武士，做了举兵的准备。当时，源实朝已死，幕府虽申请迎后鸟羽上皇之子为将军，上皇拒绝此请，同时并要求幕府停止在其爱妾

菊的庄园里设置幕府的地头。“执权”官北条义时坚决地驳回了这一要求，并迎源赖朝血统的两岁的贵族之子为将军（公元1219年）。

后鸟羽上皇因其宠妾的愿望未能满足就愈益憎恨幕府，更加致力于准备举兵，终于在公元1221年（承久三年）向各国的武士下达了剿伐北条义时的院令。后鸟羽上皇原忖度院令一旦下达，各国武士会望风来此受命，在镰仓也必然会出现有实力的内应。但这不过是对迂腐的旧天皇制权威的幻觉而已。

这一时期在幕府内部继续着的内讧，并不是武家政权的削弱，而是作为真正的领主与武士阶级政权进行纯洁化过程的表现。北条氏并不像平清盛和源赖朝那样出自值得夸耀的名门，而不过是伊豆岛上的一个小领主。只是凭借其政治洞察力与手腕，当身为一介被流放罪人的源赖朝举起反旗时，就最先参加，而且以自己的力量构筑起了现在的地位。他与关东大豪族之间的对抗与斗争是新型与旧型封建领主之争，是新型封建领主走向胜利的集中表现。因此，即使在后鸟羽院发布剿伐北条义时的院令时，他们也是充满自信与勇气的。北条政子与北条义时毅然决定要把敌人消灭在他们据点里。“御家人”牢固地团结在他们的周围。另一方面，“院”方所依靠的南都北岭的僧兵和非御家人的武士，只动员了不多的人。幕府军则以北条义时之子北条泰时为大将，从镰仓出发，仅两三天甚至连堪称做会战的战争都未发生就占领了京都。这就称之为“承久之乱”。