幕府内强有力人物之间的矛盾也激化了。公元 1284年六波罗探题因与“执权”对抗而被杀。翌年，曾伙同“执权”北条时赖消灭三浦氏有功的安达氏，因发动叛乱也被消灭。现在，在“执权”近臣之间又发生了权势之争。公元1293年，由于打倒安达氏炫耀有功的平赖纲父子也被“执权”杀害。

通过不断的内部斗争，北条氏得宗一族的专制一直在加强。幕府的各机关有名无实。结果，北条氏得宗一家就成了所有矛盾的焦点。从公家、寺院、神社一直到“国人”、“地侍”和一般农民，所有的社会阶级和阶层的反抗都集中到“执权”身上，后醍醐天皇又成了集结这一切反北条势力的核心。

在此之前，在皇室内部也在争夺日趋减少的领地，产生了尖锐的对立与分裂。公元1259年，从后嵯峨上皇废长子后深草天皇，立次子山天皇继位之后，后深草天皇与山天皇就产生了矛盾。居住在持明院的后深草天皇系统（持明院统）与隐迹于大觉寺的山天皇系统（大觉寺统）之间，围绕皇位展开了尖锐的斗争。由于幕府的介入，公元1308年虽决定由两系统轮流继承皇位，但因幕府的介入使自己一派处于不利的大觉寺系统却成了反幕府的力量。大觉寺系统的后醍醐天皇于公元1318年即位。他暗怀推翻幕府之志，起用以北畠亲房（公元1293—1354年）为首的人才为亲信。当时的“执权”北条高时非常昏聩，一向不问政治，日夜沉湎于游宴。因热衷于斗犬而得了“犬将军”的绰号。这又给后醍醐天皇们以讨伐幕府的良机。

天皇的计划在公元1324年（正中元年）因被幕府察觉并逮捕了其亲信日野资朝而一度受挫（“正中之变”）。这时，天皇却假托与已无关，又重新制定计划，并暗中与皇室、贵族领有的庄园的武士以及延历寺、兴福寺等联系。然而，公元1331年（元弘元年）又由于叛徒告密，计划又为幕府侦悉。后醍醐天皇逃至奈良，随后又遁入笠置山。以河内国金刚山麓为据点，从其祖辈就以该地“地侍”首领而知名的楠木正成（公元1294—1336年）首先拥护天皇而举兵。但后醍醐天皇不久就被幕府逮捕流放于隐岐岛。其后，幕府遂拥立了持明院系统的光严天皇。

一旦得以公然树起推翻幕府的旗帜，以近畿与中国的武士为首的反北条势力就陆续揭竿而起了。动乱逐年扩大与深入。“地侍”所率领的群众也在各处蜂起，“地头”与庄官或是混战，或是联合起来对抗上级领主。动乱已不局限于后醍醐天皇及其一派的武士们对幕府的斗争，实际上也开始具有针对包括皇室在内的所有旧统治者的群众起义的因素。

动乱一旦发展到全国，公元1333年（元弘三年）闰2月，后醍醐天皇为伯耆地方的强有力的武士名和长年们所拥戴逃出了隐岐岛。反幕府势力日益加强。鉴于这种形势，受命幕府追剿近畿叛乱者的率大军赴京都途中的下野的豪族足利高氏（即足利尊氏，公元1305—1358年）发动叛乱，5月7日消灭了幕府的六波罗探题。同一时期，上野的新田义贞（公元1302—1338年）率东国的武士团进攻镰仓，5月22日灭亡了北条氏一族。在北条氏势力所及的九州，九州探题也被岛津、大友与少等强有力的守护易如反掌地推翻了。镰仓幕府就此而彻底灭亡。