一个月以后，后醍醐天皇又逃出京都，蛰居于大和地方的吉野山里，宣称为正统的天皇，尽管徒具形式，但还是建立了朝廷。从此，就开始了所谓的南朝（吉野朝）与北朝（京都朝）的对立战争。南朝得到各国反足利派武士的支持，暂时还有势力，但到公元1338年为止，可资依靠的新田义贞、北畠显家等强有力的武士都陆续地战殁。这一年，足利尊氏自北朝天皇得到翘望已久的征夷大将军的称号。南朝可资依靠的虽然是以贵族、寺院和神社为本所的商人行会的经济力，但随着南朝军队的屡败，商人阶层的支持也日益减弱。后醍醐天皇自己，于公元1339年（南朝延元四年，北朝历应二年）8月病殁于吉野山中。

失败几次也不绝望，即使被流放于海岛或是被软禁，仍脱逃出来始终战斗不息的后醍醐帝，在皇室史上虽是无先例的刚毅不屈的天皇，但却没有洞察历史大势的眼光。以复旧古代天皇制盛世为目标的后醍醐天皇，一切考虑都是向后看的，是以贵族阶级为中心的，是与历史大势相悖行的。因此，就只有失败了。

南北朝的战争，在后醍醐天皇殁后仍在进行。但矛盾的主要内容已不再是宣称为正统王朝的一小部分的，公家势力对冠以北朝这顶王冠的武家幕府的抵抗了，而是武士阶级内部的对立。在他们之间有急进派与缓进派及其他各种矛盾。由于其中一派还不断与南朝联系（甚至足利尊氏与足利直义，有时也与南朝联系），因此，南朝也只能暂时延续下来。

急进派武士的天皇观与足利尊氏的态度

足利尊氏是缓进派，他是想及早地掌握全国统治权的。但却未直接建立把在乡武士组织起来的新体制，而是任命其一族及其他心腹武士为各国的守护，并给予他们对领地所在国武士的论军功行赏权以及随之而来的拨给土地的权限，供他们负责统辖武士与维持治安。另外，在镰仓设置镰仓府，在奥州与九州分别设置探题，并委其一族负责，指挥与统辖管区内守护以下的武士。足利尊氏就是这样通过对其一族的羁縻，企图以与镰仓幕府无大差别的方式巩固幕府的权利。

当权者总是希望“秩序”。从南朝的立场描写南北朝动乱历史的《太平记》说：“将军兄弟（足利尊氏与足立直义）如果对应该崇敬的‘寡人’君主不尊重，‘执事’及其他‘家人’也会对将军不尊重。此乃因果之理。”足利尊氏对此是心领神会的。如果破坏了皇室处于“秩序”顶端这一传统，封建秩序的原理就将被破坏，因之，武士们对幕府的忠贞也会被破坏，足利尊氏就害怕这个。因此，足利尊氏既不像源赖朝那样是“贵族”出身，也无特别理由要尊重皇室，但却不仅拥立北朝，而且对公家的庄园也不得不在某种程度上予以保护。

与此相反，“执事”高师直是以那些不奢望“守护”的地位，又从正面否定庄园领主权以期当个真正的封建领主的近畿地方的武士们为其势力基础的。因此，据《太平记》一书，高师直就曾出言不羁地说：“在京城有个称王的人，占据了大量领地，又有‘宫’和‘殿’，要叫他‘下马’是很难的呀。如果有道理能说清没有王也可以的话，那么，就可以用木来雕一个或以铁铸一个，而把活的‘院’和‘国王’顺水扔到某个地方去。”高师直之弟高师泰对其部下的武士们嫌赏赐的领地太少一事就命令说：“何必嫌少？附近如有寺院、神社和‘本所’的领地，就越境去占用嘛！”除此以外，《太平记》一书还描述了武士完全漠视天皇和公家权威的故事。诸如有个名为土岐赖远的有势力的武士，在京都街上与光严院的车相遇，并被命令下马时，他却说：“什么？是‘院’（日语音ｙīｎ——译者）还是‘犬’（日语音ｙìnu，与yin音谐——译注）？要是犬，就要射下来。”并向上皇的车射了一箭。伊势国的仁木义长，曾侵占了“伊势神宫”（神社）的领地，天皇与将军下了禁令。相反，他却到五十铃川捕鱼，在神路山狩猎（按常规，在该神宫附近水域不许捕鱼，附近的山林不许狩猎——译者注），丝毫不畏敬神宫等。