据说明清之际，在绍兴有钱人家中盛行着这样一种习俗：凡是家中有两个以上的儿子，往往一个习商或经营家产，另一个则送去读书深造，以冀家中有人在仕途上光耀门庭，同时也为守护和扩大家产找个政治靠山。光普先生在世时，蔡元培的家庭在绍兴也算是有钱的“小康”人家。在家中，光普夫妇选择了蔡元培作为学而优则仕的培养对象，在他虚龄6岁那年，便请了一位姓周的老师到家设塾授教。

从塾师那里，蔡元培接受的完全是传统教育。在幼童时期，他最初所读的是《百家姓》、《千字文》、《神童诗》三本小书，然后读儒家经典“四书”、“五经”，即《大学》、《论语》、《孟子》、《中庸》和《诗经》、《尚书》、《周易》、《礼记》、《春秋》等书。在读这些书时，周先生强调熟读背诵，而不作讲解。蔡元培对所读的内容，大多似懂非懂，但读得遍数多了，居然也能背得出来。对于这种传统的教学方法和教学内容，蔡元培后来进行过严厉的抨击。他说：“吾国之旧教育以养成科名仕宦之材为目的。科名仕宦，必经考试，考试必有诗文，欲作诗文，必不可不识古字，读古书，记古代琐事。于是，先之以《千字文》、《神童诗》、《龙文鞭影》、《幼学须知》等书；进之以四书、五经；又次则学为八股文，五言八韵诗；其他若自然现象，社会状况，虽为儿童所亟欲了解者，均不得阑入教科，以其于应试无关也。是教者预定一目的，而强受教者以就之。故不问其性质之动静，资禀之锐钝，而教之只有一法，能者奖之，不能者罚之，如吾人之处置无机物然，石之凸者平之，铁之脆者煅之；如花匠编松柏为鹤鹿焉；如技者教狗马以舞蹈焉；如凶汉之割折幼童，而使为奇形怪状焉。追想及之，令人不寒而栗。”

除读书外，蔡元培还跟周先生识字、习字、学做对句。周先生教识字的方法与现代的儿童教育所采用的差不多，既教读法、字形，也讲字义。习字则先摹后临，摹是先描红字，后用影格，临则先在范本的空格上照写，后来用帖子放在面前，在别的空白纸上照写。对句则由一字到四字，先生出上联，学生想出下联来。在对句时，不但要求名词对名词，形容词对形容词，动词对动词，而且每一种词里面，又要取其品性相近的来对，如先生出一“山”字，学生就要以“海”字或“水”字来对。又如先生出“桃红”两字，学生便要第一字用植物的名词，第二字用颜色的形容词来对，比如“柳绿”或“薇紫”等。此外，在对句时还兼习四声的分别，要求平声字对平声字，仄声字对仄声字，而且在仄声字中还要掌握上、去、入的区别。这种严格的语文训练，既为作文也为作诗打下了基础，不失为提高国文水平的一种办法。

蔡元培在家跟周先生读了5年，到11岁那年，也即1877年，因父亲病故，家里无力再聘塾师，于是年下半年寄居姨母家附读。第二年再转到自家对门李申甫先生所设的私塾就读。这位李先生教法更呆板、严厉。每日上新书一课，先自己朗读一遍，令学生循声照读，然后再让学生回到自己的位置上复读，直至能背诵为止。课后各学生要回家温习。第二天上课前，李先生令学生把所读的书统统送到他的桌上，背他而立，他从课文中随意撮取一句，叫学生背诵下去。如不能背诵，或有错误，便责打手心十下，第二次再不会就责打二十下，每次加倍。蔡元培有一次就因背诵《易经》屡犯错误，被责打手心达百下。自1879年起，蔡元培还从李申甫先生学做八股文。八股文的做法是先做破题，再做承题，然后做起讲，最后做全篇，由简而繁。就此来说，八股文也不失为一种学习写文章的方法。然而，那时候做习题时仍有破题，做起讲时仍有破题、承题，做全篇时也还有破题、承题、起讲，这种规矩就违背了写文章的正确方法，诚若蔡元培后来批评的，“实在是重床叠架了” 。

大概是因为这位李申甫先生的教学方式过于呆板、严厉，蔡元培在他那里读了两年，到1880年便转到离家半里之遥的王懋修夫子处就读。这位王老夫子虽只中过秀才，但却是个博学通经、熟谙明清两朝八股文的人，在当时的绍兴颇有点名气，到他门下就读的学生不下三十人，且其中还有远道而来住宿就读的。王老夫子在教学内容上与其他塾师并无差别，但态度却比一般的塾师负责、耐心。他本人兴趣广泛，看书随意，不仅好碑帖，看《金石萃编》等书，而且也读《西厢记》这类所谓的“淫书”。但为了使学生们将来能入学，金榜题名，他对学生们读什么书却管得很严，除经书之外，其他书一律不许看。有一回，蔡元培从同学那里借到一本《三国志演义》，刚看了几页，王先生发现后便说：“看不得，陈寿的《三国志》，你们现在尚不可看，况且演义里边所叙的事，真伪参半，不看为妙。”又有一次，蔡元培借到一本《战国策》，王老夫子看见后，又说看不得，指出秀才的入学考试，作文用字都要出于经书，若将《战国策》一类书中的词句用进去，考试时必为考官所不取。 在教做八股文时，王老夫子发现蔡元培有写得不对的地方，并不训斥，也不立即在卷子上改写，而是耐心地指出错误所在，让蔡元培回去改写。