四个月以后，一本以年轻少女为受众的美国杂志也将这段言论复制下来进行发表，最终引发了全国性的愤怒。广播电台禁止播放披头士的唱片，人们公开焚烧披头士的唱片和相关商品。甚至连三Ｋ党也出来搅和。这让列侬感到非常不舒服，他被迫在披头士最后的美国巡演期间公开道歉。每场记者招待会上，他都被要求对他的言论加以解释，这让他的烦恼与日俱增。“我没有反上帝、反基督，也没有反宗教”，他说，“我没有说过我们比上帝更优秀、更伟大。我信上帝, 但我不是把他当作某个东西、某个生活在天上的老人家在信奉，我相信人们所说的上帝其实是我们每个人内心都有的某种东西。”这是披头士作为一支巡回乐队的结束，但却是列侬成为一名和平主义者的开始。当披头士回到英国时，他们被允许休息一段时间，实现自己的个人计划。列侬获邀在理查德·莱斯特的反战影片《我如何赢得战争》（How I Won the War，1967）中饰演火枪手格里普韦德（Gripweed）。列侬很多次都想公开表达他反对越南战争的观点，但总被布莱恩·爱泼斯坦制止，因为爱泼斯坦认为披头士不过只是一支流行乐队而已。《我如何赢得战争》告诉列侬，他还有披头士成员以外的身份，他也能在成长中的和平运动里扮演积极的角色。“我讨厌战争”，他说，“越南战争，还有那里正在发生的一切都让我有那样的感觉。如果还有另一场战争的话，我将不会反抗— —尽管人们总是要求年轻人起来反抗，我只会站在那里，尝试着，并且阻止他们。”然而，在他能够全力投身于和平运动之前，他又要去录制披头士的下一张专辑了。

从巡回演出的束缚中解放出来的披头士搬到了百代工作室，开始录制《佩珀中士的孤独之心俱乐部乐队》（Sgt. Pepper’s Lonely Heart s Club Band）— —有很多人相信这是他们最伟大的一张专辑。

他们录制的第一支歌曲是列侬创作的《永远的草莓地》（Strawberry Fields Forever）。它的录音效果成了余下专辑曲目的标杆。列侬对他在歌曲上的首次尝试不太满意，他坚持要在第一版基础上将音高升高，再录制一个版本。然而，列侬对新版本也不太满意，他要求马丁将第一个版本的第一段和新版本结合到一起。在这张专辑里，披头士们将他们的创造力和技术水平发挥到了极致，他们花在录制《佩珀中士的孤独之心俱乐部乐队》上的时间为700小时，这是一个史无前例的数字。同时，他们还将录制这张唱片的录音棚变成了一个实验性的声音实验室。

列侬在创作上变得越来越迂回。《永远的草莓地》不仅是一首关于他在利物浦的童年记忆的歌，它还是一种声明，表明他是用一种不同于他人的方式观察这个世界的— —其他人是闭着眼睛生活的。

如果说之前他感知这个世界的方式已经不同于他人，那么现在这种方式已经被致幻剂所扭曲。这也必然影响到了他的歌曲创作。但当人们意识到《露西在缀满钻石的天空中》（Lucy In The Sky With Diamonds）这句话中的三个名词的开头字母正好可以拼出“LSD”（致幻剂）时，他却坚决不肯承认这首歌是他在迷幻状态下创作的。但BBC还是对这首歌以及他的另一首杰作《生命中的一天》（A Day in the Life）进行了封杀，因为《生命中的一天》里有“我希望让你神魂颠倒”这样的歌词。列侬并不希望让人们为了迷幻剂而神魂颠倒，他真正希望的是开启人们的心灵，激发他们的潜力，从而影响到整个社会。如果说他在用《生命中的一天》传递这一想法的实践上失败了，他却在另一首歌上获得了更大的成功，那就是他为披头士首次全球直播的电视节目创作的《我们的世界》（Our World）。