在阅读《明实录》和《清实录》时常常看到大量卫所是呈现为一种地理单位的记载（如水旱地震灾害、兴建城池之类）。如果说卫所仅是明代的一种军事组织，那么，入清以后约100来年怎么还保存那么多明代的“军事组织”。清代文献(如实录、官员奏疏、地方志)中常见改卫所为州县或在内地把卫所人丁、田地并入附近州县的记载，这些都说明卫所在明代建立以来很大程度上是一种军事系统管辖下的地理单位。以前的史籍中也曾注意到明代一些卫所是管辖一片地方的，因而有“实土卫”与“非实土卫”的说法。史学大师谭其骧先生主编的《中国历史地图集》明代部分也标明了大片边疆地区归某某都司、行都司管辖，为研究明代疆域做出了重大贡献。我在广泛探讨明代各种类型卫所的基础上，提出了明帝国疆土是分为两大系统管辖的论点，即行政系统（县、州——府、州——布政使司、直隶府、州——六部）和军事系统（卫、直隶都司的千户所——都司、行都司、直隶卫——五军都督府）各自管辖两种不同的“地理单位”。州县是一种明显的地理单位；绝大多数卫所也是一种地理单位就比较难以理解。我只是按实际情况指出绝大多数卫所中有的管辖土地周边四至比较清晰，而相当一部分内地卫所管辖的屯田往往分散在附近州县的自然境内或辖地与州县犬牙交错，在地图上是无法标示出来的，尽管如此，这些卫所的土地与人口不属州县管辖，其数字也不纳入州县统计之内。由此就涉及社会经济领域中的几个重大课题，一是明帝国的耕地数，二是明代官、民田数，三是清初耕地数较明代是增加还是减少，等等。国内外史学界关于明初以来存在两种相距甚大的全国耕地数始终得不到正确解释，都同卫所问题有关。我探讨的结果是指出《明实录》中每年末所记“是岁天下田地数”仅仅是由户部综合以州县为基础的行政系统数字，没有包括军事系统管辖的耕地（屯田和卫所辖区内的民田）在内，因而是不全面的；而为国内外史学家判定为不可信的明初以来约850万顷以上的数字则包括了行政与军事两大系统的耕地数，只有这一数字才是真实可靠的。至于史学界长期关心的明代官、民田数大抵都是依据《明史·食货志》所说“官田视民田得七之一”。我则指出这同样是行政系统辖地内的官、民田数，就全国而言，军事系统的屯田全部属于官田，若把这一部分计算在内，明代官田在总田额中所占比例就要大得多。对于清初顺治末年至康熙前期全国的耕地数字，学者们常根据《清实录》与《明实录》绝大多数年份所记数字相比，误认自顺治末年起清代耕地数已超过明朝万历清丈以前的数字。我则指出自明末以来连年战乱、灾荒频仍，田地抛荒极为严重，何况顺治后期全国尚未统一，耕地数较之明朝全盛时期是大幅度下降的，即由万历三十年的1100万顷减至500万顷左右。清代耕地数的上升并超越明代经历了相当长的时期。这一论断只需把清代所修方志中“赋役”类所记“原额”与历年数普遍查对一下即可认定，况且还有许多官、私文书可以印证。就是说，《清实录》中所记数字并没有错误，问题是清代包括卫所在内的全国耕地数都已汇集到户部。我对卫所的基本观点已发表在《明前期耕地数新探》、《卫所制度在清代的变革》、《谈明代的卫籍》和《明帝国疆土的管理体制》4篇论文里。原来设想进一步收集史料，围绕卫所问题对明帝国相关领域的影响和到清代的改制进行综合研究，写一部专著，这项工作深入不易，距成书还有相当一段距离。