大顺军的攻克北京和崇祯帝的自尽，标志着明王朝的覆亡。但是，淮河以南绝大部分地区仍然处于明政府管辖之下。当大顺军向北京进军时，南方部分官员知道京师难保，已经作了从海路迎接太子朱慈烺来南京监国的准备。三月二十九日，即在北京失守十天之后，消息就传到了江苏淮安。四月初八日，淮安巡抚路振飞根据塘报向当地官绅宣布了京师失守的重大变故。这里有两点值得注意，一是淮安距留都南京不远，南京六部等高级官员虽然很快得到了北京陷落的消息，却由于对崇祯帝和他三个儿子的下落不明，不敢轻举妄动，他们严密封锁消息，“禁讹言”，内心里却焦急不安。“诸大老每集议事堂，惟相向攒眉，竟日无一语。或仰视屋之罘罳，咄嗟而已。间曰：‘事如不可知，将奈何？’竟以靴尖蹴地作叹息声，各各散走，以为常。”另一点是北京失陷的消息传到淮安时，福王朱由崧、潞王朱常淓以及周王、恒王都因逃难泊居于淮安城西湖咀。朱由崧和朱常淓也必然想到这一事件对自己的前途可能发生的影响。

南京在明朝初年是帝国的首都，永乐年间迁都北京以后，南京作为留都一直保留了六部、都察院等一整套与北京相对应的中央机构。这种两京制度的特点是：皇帝和内阁大学士等决策人物都在北京，北京的六部等衙门是名副其实的中央权力机构；南京各衙门多为虚衔，公务清闲，任职官员被称为“吏隐”，但地位一般不低于北京相对应的衙门官员。在留都握有实权的是南京参赞机务兵部尚书、南京守备太监和提督南京军务勋臣。

自从大顺军兵临北京城下之日起，朝廷的一切政令无法发出，南京的高级官员大概在接到崇祯皇帝“命天下兵勤王”的诏书以后就再收不到邸报了。召兵紧急勤王和随之而来的音信不通，使南京各衙门大臣、守备太监、勋臣们越来越感到不安。四月初一日，以南京兵部尚书史可法领衔发布了“号召天下臣民起义勤王捐赀急事”的南都公檄，檄文中提到“南北之耗莫通，河山之险尽失”之类的“宗社危情”，表明他们已经笼罩在一种不祥的预感之中。四月初七日，史可法率兵渡江准备北上“勤王”；几天之后，他误信了一个不可靠的消息，写信给南京詹事府詹事姜曰广说，崇祯帝已乘舟由海道南下，太子也从间道得以逃出，南京的官员们信以为真，一个个喜形于色，奔走相告。谁知第二天就传来了朱由检在三月十九日自尽于煤山的消息，这消息在四月十七日被从北京逃出来的原大学士魏炤乘证实。朝廷既已全部覆亡，作为留都的南京很自然地成了明朝半壁江山的政治中心。这里当政和在籍的大臣如雷轰顶，顿时乱成一团。对于他们来说，当务之急是立君。由于崇祯帝的三个儿子都被大顺军俘获，未能逃出北京，在没有直系皇位继承人的情况下，南京及其附近地方的大臣、勋贵、太监和拥兵自重的将帅就在拥立哪一位藩王的问题上展开了一场勾心斗角的争执。以血统亲近而言，崇祯帝的祖父神宗朱翊钧的子、孙还有福王朱由崧、惠王朱常润、桂王朱常瀛（瑞王朱常浩原封汉中，李自成军入陕他逃至四川重庆，甲申六月被大西军处死）；神宗兄弟的儿子则有潞王朱常淓。按照封建伦序观念，自然应该首先考虑福王、桂王、惠王。而在福、桂、惠三王中朱由崧又处于优先地位，这是因为：第一，三亲藩中福藩（即老福王朱常洵）居长；第二，桂、惠二藩比崇祯帝高一辈，不如朱由崧援引“兄终弟及”（实际是弟终兄及）继统更为适宜；第三，桂、惠二王在崇祯十六年（1643）张献忠部进入湖南时逃往广西，距南京较远，福王却近在淮安。福王朱由崧在伦序和地理上占了明显的有利地位。在这里，我们应当特别注意东林—复社中一些骨干人士在继统问题上所起的恶劣作用，他们的一些偏见深入人心，一直沿袭到现在。事实上，当时的有识之士都主张由福王朱由崧继统，如淮抚路振飞“遗书南京兵部尚书史可法，谓伦序当在福王，宜早定社稷主”。刘城《上阁部史公书》中说：“自都门失守，大行皇帝凶问频传，虽所传不一，大略颇同，公率先诸臣奉迎福藩殿下，临莅南京，此中外臣民之愿也。”下文说他见到的诏旨仍用监国名义，“未有御极之意”，他极力主张应该“早上尊号”，理由是“伦序应在福藩，大宝之御无可迟滞之端”。给事中李清、章正宸，进士郑元勋等人也持相同态度。李清记载：“北都变闻，在籍钱宗伯谦益有迎潞王议。扬州郑进士元勋密语予：‘予语里人解少司马学龙曰：福从此始矣，神宗四十八年，德泽犹系人心，岂可舍孙立侄？况应立者不立，则谁不可立？万一左良玉挟楚，郑芝龙挟益，各挟天子以令诸侯，谁禁之者？且潞王既立，置福王于何地？死之耶？抑幽之耶？是动天下之兵也，不可。”接着又说章都谏正宸力主应“以福藩为国本”，“时草野闻立潞，皆不平；及（福）王监国，人心乃定”。然而，江南士绅中的一部分东林党人却从狭隘私利出发，强烈反对由福藩继统，原因是朱由崧的祖母是备受神宗宠爱的郑贵妃，从万历到天启朝廷上围绕着储君问题展开的“妖书”、“梃击”、“移宫”等轰动一时的案件都同郑贵妃有关，何况正是由于东林党人的力争，神宗和郑贵妃希望立福王朱常洵（即朱由崧的父亲）为太子的图谋才化为泡影。因此，他们担心一旦朱由崧登上帝位，重翻旧案，自己在政治上将会失势。在籍礼部侍郎钱谦益当时被视为东林党魁，他两次从原籍常熟赶往南京，以“立贤”为名，到处游说，提议迎立潞王朱常淓。支持钱谦益的有南京兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高弘图、右都御史张慎言、詹事府詹事姜曰广等人。一度具有举足轻重地位的首席大臣南京兵部尚书史可法是倾向于东林党的人物，他内心里对拥立福王有所顾忌，但又认为应该按伦序迎立神宗的子孙。