四镇既以定策功封爵，“人人有门生天子心”，桀骜不驯。督师大学士史可法在讲话时常引用“圣旨”，高杰大不以为然，当面顶撞道：“旨、旨，何旨也！尔曾见皇极殿中有人走马耶！”黄得功有一次跪着听使者宣读诏书，觉得不合自己的意思，不待读完就爬起来，“攘袂掀案，大詈曰：去！速去！吾不知是何诏也！”在极其重视君臣之份的中国封建社会里，这种场面是很罕见的。他们对廷臣有所不满时，就上疏云“乞付军前正法”。刘泽清在陛见弘光帝时大言无忌地说：“祖宗天下，为白面书生坏尽，此曹宜束之高阁。俟臣杀贼后，取而拂拭用之，以听其受享可也！今请罢制科勿设便。”史可法在军中写信给大学士高弘图，“盛言‘镇锋恶，盍谨避之！’”。四镇的气焰如此嚣张，皇帝和廷臣也无可奈何，马士英虽然投机附和镇将得以位居首辅，但他同样受制于四镇和左良玉，毫无作为。

四镇的驻地为：黄得功驻真州（仪征）、刘良佐驻寿州（今寿县）、刘泽清驻淮安，高杰原受命安顿家口于扬州城外然后统兵北征。可是，高杰贪图扬州富庶，要求将家口安置于城内。扬州的百姓见高杰部下士卒在附近村庄到处抢掠焚杀，“烟火蔽日”、“僵尸遍野”，纷纷罢市登陴，不让高军入城。高杰恼羞成怒，于六月初七日下令攻城。扬州进士郑元勋从中调停，同高杰面议只让官兵家眷安置城内，不在城内驻军。不料扬州百姓群情激愤，当场击杀郑元勋。督师大学士史可法亲自来到扬州城外的高杰军营里，婉转劝说，一味姑息牵就。“阁部之行也，以川兵三百自随，杰疑之，可法即分与二百人，然杰疑如故。……杰防可法甚严，一切出入文移必呈杰始达可法。……可法留杰营月余，不得要领”。经过反复磋商，最后决定把扬州附近的瓜州作为高军安顿之地。

江北四镇是这样跋扈自雄，世镇武昌的宁南侯左良玉在崇祯年间就已尾大不掉，自行其是。弘光监国和即位的诏书颁到武昌，他一度拒绝开读，在湖广巡抚何腾蛟、部下监纪副总兵卢鼎等人的劝说下，才勉强开读成礼。南明其他将领如郑芝龙、方国安等人见大将如此，也各自盘算自身利益，不以国事为念。