第一，阮大铖为人小有才，本非志节之士，这是一回事；他的列名魏忠贤逆案是否恰当又是一回事。归庄写道：“怀宁阮大铖，初本清流（即东林），……阮在垣中（六科给事中）资既深，佥都御史左浮邱（光斗）其同乡也，因欲其掌科，而高邑冢宰、无锡都宪疑其人，以为不可；嘉善魏廓园（大中）初还朝，即转吏科都给事中。阮谓资应属己，而魏夺之，遂激而入邪人之党。……激成阮入彼党，未始非失计。盖阮实有可用之才，惜诸君子无使贪使诈之作用也。”当魏忠贤声势煊赫之时，阮大铖并没有明显的劣迹，在朝时间也极短。他之所以列入“钦定逆案”原因是崇祯帝继位，魏忠贤刚刚垮台，朝廷上两派势力的争斗尚未明朗化，阮大铖急于入朝做官，草拟了两份内容不同的奏疏，一是专攻魏党，一是所谓“合并共算”，也就是既攻魏党又攻东林。他派人把疏稿送往北京请友人杨维垣相机行事。不料，杨维垣取己所需，把后一疏封进。这件两面开弓的奏疏通过邸报流传后，东林人士为之大哗。阮大铖因此以“阴行赞导”的罪名列入逆案第三等，永不叙用。平心而论，东林—复社人士门户之见极深，他们把阮大铖打成逆案很难自圆其说，比如说他谒见魏忠贤后随即行贿给魏的门子赎出名刺，就是莫须有的罪状；说他在魏忠贤得势之时即辞职还家是早已看出魏忠贤必定垮台，更站不住脚。阮大铖在魏忠贤垮台之后还看不清政局的走向，怎么能说他在天启年间就预知朱由校会短命、崇祯帝将即位？总之，“阴行赞导”的罪名难以成立。阮大铖触霉头是在崇祯初出于投机得罪了东林党人。王思任说他“时命偶谬，丁遇人疴，触忌招諐，渭泾倒置，遂放意归田，白眼寄傲，只于桃花扇影之下，顾曲辩挝”。阮大铖政治上失意，借寓南京编演新戏，交结朋友，声歌自娱，这在当时的留都也是极平常的事。不料，顾杲、吴应箕、陈贞慧这批公子哥儿看得老大不顺眼，心想秦淮歌妓、莺歌燕舞乃我辈专利，阮胡子来凑什么热闹。崇祯十一年（1638）八月，他们写了一篇《留都防乱公揭》广泛征集签名，对阮大铖鸣鼓而攻之，文中充满了危言耸听的不实之词。阮大铖挂名“钦定逆案”，有口难辩，一败涂地；陈贞慧等人自以为痛打落水狗，功德无量。

崇祯十四年（1641），东林—复社人士以不光彩的手段，重贿司礼监太监，使周延儒再次出任首辅。阮大铖为了东山再起，一面参与拼凑贿金，一面向“东林诸君子”苦苦哀求：“所不改心以相事者，有如兹水。”一些东林人士表示谅解，又遭到周镳等人的坚决反对。周延儒既然得到阮大铖的资助。又碍于东林骨干的要挟，采取折衷办法，接受阮大铖的推荐，起用其同年好友、革职遣戍的原宣府巡抚马士英为凤阳总督。马士英自然对阮大铖有怀恩必报之念。他出任弘光朝廷首席大学士以后，就以定策和边才为名竭力推荐阮大铖，上疏说：“臣至浦口，与诸臣面商定策。大铖从山中致书于臣及操臣刘孔昭，戒以力扫邪谋，坚持伦序。臣甚韪之。但本官天启年间曾任吏科都，同官魏大中争缺，本官虽近让，与当时诸臣嫌隙遂开，因牵入魏忠贤逆案。其实本官既未建祠，未称功诵德，径坐以阴行赞导。夫谓之赞导，已无实迹，且曰阴行，宁有确据？故臣谓其才可用，罪可宥也。”马士英的上疏立即遭到东林—复社人士的强烈反对。他不顾其他阁臣异议，亲自票拟，六月间取得弘光帝同意：“召逆案为民阮大铖冠带来京陛见。”阮大铖出仕已成定局；八月，弘光帝又依从安远侯柳祚昌的提议，不经朝臣会议，直接任命他为兵部添设右侍郎。