1644年夏季以后，河南的局势也很复杂。大顺政权原已遍设官员的这块中原地区，已经由于主力西撤而四分五裂。大顺军只控制着豫西等部分地区，其他地方一部分为死灰复燃的明朝官绅窃据，一部分被所谓“土寨豪杰”的地头蛇盘踞；清方也乘虚而入，攫取了河南省黄河以北的怀庆、彰德、卫辉三府。现简述如下：

五月间，明归德府知府桑开第得到大顺军战败放弃北京的消息，立即勾结原崇祯朝督师丁启睿的弟弟了启光（任明朝参将）发动叛乱，逮捕大顺政权归德府管河同知、商丘、柘城、鹿邑、宁陵、考城、夏邑县令，于六月间解送南京向弘光朝廷献俘邀赏。明河南援剿总兵许定国也纠集一批散兵游勇窃据睢州一带。原明朝兵部尚书张缙彦在北京投降了大顺，这时逃回新乡招集官绅、土寇，同许定国相勾结，与大顺政权为敌。

河南各地的土贼也乘势拥起，如刘洪起据汝宁，韩甲第据许州，李际遇据登封，李好据裕州，刘铉据襄城，“分辖各数百里，拥众各十余万”。这些人的来历一般是明末地方性的反叛武装，后来同当地乡绅勾结，蜕变成一种封建割据势力。其中刘洪起兵力较强，他接受明朝的招抚，1644年春、夏在河南发动叛乱，擒杀大顺政权委派的地方官员，被大顺政权绵侯袁宗第击败，率领残部逃入湖北，托庇于明将左良玉麾下。其他土贼由于实力有限，在崇祯末期往往在明朝廷和李自成农民军之间摇摆，哪方得势就倒向哪方。大顺军西撤后，他们当中不少人立即起来反叛，“愤张旗帜直书：‘杀贼报仇’四字”。仅韩甲第就“擒伪官十有余人”，颠覆了许州一带的大顺政权，但河南大顺军随即发起反击，在九月间将韩甲第剿杀。刘洪起也卷土重来，领兵直至永宁、杞县一带，与开封府推官陈潜夫一道为明朝收复“失地”，并在柳园（开封城北）击败大顺军陈德部（陈德乃陈永福之子，原为明将，后来又投降清朝）。弘光朝廷得报后，委任陈潜夫为巡按御史，刘洪起为总兵官。不久，又任命张缙彦为河南总督，越其杰为河南巡抚（越其杰是马士英的姻亲）。

清廷方面也在稳固对畿辅地区统治的同时，把势力扩展到河南北部。七月，任命杨方兴为河道总督，苏弘祖为分巡河北道，申朝纪为分守河北道（按：明、清的河北道管辖范围是河南省黄河以北的彰德府、卫辉府、怀庆府，同现在的河北省无关），罗绣锦为河南巡抚；八月又任命祖可法为河南卫辉总兵官，金玉和为河南怀庆副将（不久提升为怀庆总兵）。八、九月间，清廷委任的文官武将先后到任，基本上控制了河南省黄河以北地区。

可见，在1644年夏、秋，河南省成为明、清、顺三方争夺的焦点之一。这年九月十八日，清山东分巡东昌道李栖凤报告他探听到的河南情况是：“河南舞阳以东汝宁一带地方俱属总兵刘洪启（起）将官分据”，“河北（即指上述河南省黄河以北三府）一带地方俱属营头张天乙管，河南睢州一带地方俱属总兵许定国管。八月十二日定国率领兵马将归德府城池残破，蹂躏不堪。金陵口南至许州、舞阳、西平、遂平、临颍、郾城、扶沟、鄢陵、汝宁迤南等处地方俱属总兵刘洪启（起）管。流寇改禹州为均平府，襄县、南阳、襄阳、河南府（即洛阳府）以西流寇牛头目领兵一枝在各处镇守，以西俱流寇官，而郾城委知县二员，一属弘光，一属西寇。河南各处非兵即寇，各占一方，无处宁静。”李栖凤的描述大致反映了当时河南三方对峙的情势，清方虽然已经在黄河以北三府设官，但当地的“土贼”营头势力还很大，统治并不稳固。