于是，在哈利被迫使用守护神咒语后，是邓布利多第一时间赶到魔法部调查整个事件，提醒福吉魔法部没有权力开除霍格沃茨的学生，即使指控成立也没有权力没收魔杖。由于邓布利多的影响，魔法部改变了立即销毁哈利魔杖和开除学籍的决定。待受审时正式决定，也是邓布利多让韦斯莱先生即刻送信给哈利，叮嘱他切记不可离开德思礼家、不要再施魔法、不要交出魔杖。担心德思礼一家会将哈利扫地出门，使莉莉留给哈利的保护不复存在，是邓布利多给佩妮捎去了吼叫信，提醒她记住他最后的话，因此佩妮遵守了承诺，尽管关了哈利的禁闭，还是将哈利留在了自己家里。考虑到哈利的安全，邓布利多派凤凰社成员穆迪、卢平、唐克斯、金斯莱等人组成护卫队将哈利从女贞路4号护送至位于格里莫广场12号的凤凰社总部。邓布利多作为哈利的证人在法庭上出席，“镇定自若”，脸上的表情“极为安详”，指出摄魂怪可能已经不受魔法部控制，使哈利免于被追究责任。

这样的保护仅仅是表征。邓布利多预见到伏地魔作为法力强大的巫师复活后，定会利用、设法控制哈利对付他自己，并且借邓布利多之手消灭哈利。阴谋太过明显，抵抗亦的确艰难。这意味着邓布利多陷入两难境地，将真相对哈利和盘托出，把自己和哈利暴露在伏地魔面前，或者隐瞒一切，“不告诉哈利他不需要知道的”，避免一切和哈利的直接接触，对哈利采取特殊的保护。不愿冒险失去哈利的邓布利多选择了后者-整个暑假哈利得不到魔法世界的一点消息；哈利受审前夜到访格里莫广场12号，却未与哈利见面；对哈利的指控宣告无效后，他“大步流星的离开魔法部，看也不看哈利一眼”；将担任级长的机会给了赫敏和罗恩；从六月开始没有跟哈利讲过一句话，甚至在哈利梦见韦斯莱先生被蛇攻击后，也没有注视过哈利；命斯内普教哈利大脑封闭术，防止他受到擅长摄神取念的伏地魔的入侵……哈利生平第一次感到被邓布利多的忽略，尽管凭借他们的默契，哈利觉得邓布利多了解他所受的折磨，也曾担心邓布利多因相信他而遭排挤生他的气了，尽管哈利也会想象人们最终相信他们时候的样子，但还是抑制不住内心的焦虑、怨恨和委屈，无视赫敏告诉他的邓布利多弄清蒙顿格斯未到时间就擅自离开时的可怕样子，倔强地为蒙顿格斯的失职庆幸，酸溜溜地说这给了他使用魔法的机会才让邓布利多想起他带他离开女贞路；借口邓布利多太忙不肯将乌姆里奇的惩罚告诉他，冷漠地觉得邓布利多关心的只是他的伤疤-年轻的哈利，实在无法理解邓布利多的无奈，无法看到邓布利多禁止小天狼星外出背后的担忧，无法参透学年初晚宴讲话中途被乌姆里奇打断便“机敏坐下”的含义，无法领会邓布利多发现他误以为对他的保护是看管、想要独自逃开后捎“待在这儿”的口信给他时的忧虑，看不到邓布利多躲避他目光的注视，看不到他为留住特里劳妮、避免魔法部更多干涉霍格沃茨所做的努力，也忘记了服从邓布利多的命令从未伤害过他的事实。

D.A.小组被发现后，“邓布利多表情安详地坐在桌子后面，修长手指的指尖合在一起”，他仍然没有直视哈利的眼睛，用轻轻摇晃脑袋的微小动作暗示哈利不要承认密谋组织集会。在看到赫敏写的“邓布利多军”名单后，淡然一笑，承认他密谋组织军队反对福吉，又暗中让金斯莱修改告密者的记忆，避免哈利被开除。紧接着，邓布利多在攻击了魔法部官员、叮嘱哈利好好练习大脑封闭术后，紧握着福克斯的尾巴消失不见了，没有人知道他去了哪里。

哈利一干人中了伏地魔的圈套身险魔法部时，邓布利多用摄神取念从克利切处了解到真相，赶到魔法部用反幻影移形咒困住多数食死徒，哈利看到他时觉得“他们得救了”。当伏地魔向哈利喊出“阿瓦达索命”后，邓布利多适时使用咒语用雕像保护了哈利。与伏地魔面对面较量，缓慢走向汤姆，毫无防备，未曾有一丁点儿畏惧，无法正确理解死亡意义的伏地魔让邓布利多觉得“只是取你性命不会让我满意”。能牵动他脆弱的神经的只有哈利，当哈利想从雕塑卫士身后跑开时，邓布利多发出惊恐的吼声：“待在那儿别动，哈利！”

哈利平安无恙，他的心抵抗住了伏地魔，他没能伤得了他。魔法部一战后的邓布利多恢复所有职位和荣誉，再次回到校长办公室。当他高大的身影从火苗里浮现出来时，“周围墙上男男女女的巫师们都猛地苏醒了，他们当中许多人爆发出热烈的欢呼声”。邓布利多先是关爱的把吞掉一道索命咒又重生的小凤凰放到它的盒子里，才转向哈利，强迫哈利坚强正视失去教父的痛苦，将小天狼星的死因归结到自己身上-老年人所犯的错误-忘记了年轻时的情形、斯内普无法克服对詹姆的仇恨情绪、对哈利和小天狼星的禁锢、以哈利年幼作为推迟得知真相的借口，尽管无法令小天狼星复活，无法平息哈利的愤怒，却极尽所能化解了哈利与此事的因果，年轻的哈利不会像他一样背负亲人因自己而死的枷锁压抑终生，仍然可以健康地生活。哈利的确不适应将脸埋在双手中流露软弱的邓布利多，但他看到滑过邓布利多面颊流进他长胡子里的泪水时，渐渐理解了将哈利捧在手心里的邓布利多，渐渐安静，成为了“彻头彻尾的邓布利多的人”。

公开承认伏地魔复活的魔法部换了新的部长，魔法部想通过邓布利多劝说哈利归顺，但遭到拒绝。邓布利多有更重要的事情去做，无心顾及与魔法部产生新矛盾可能导致的后果。

6月末7月初，邓布利多在冈特老宅中寻获斯莱特林的戒指，在使用格兰芬多宝剑摧毁了里面残存的伏地魔灵魂碎片前，复活石的诱惑、长年背负的阴影，邓布利多在终于亲眼见到死亡圣器的一刻，未加思索便迫不及待地触摸了石头，盼着亲口向死去的家人说抱歉。作为魂器的复活石含有强大法力，在邓布利多碰触的一刹那致命的魔力渗入邓布利多体内，尽管斯内普倾力相救，也仅仅是将毒素暂时封闭在变得干枯焦黑的右手上，毒素会随时间慢慢扩散，直到夺去邓布利多的生命，而这个过程，不超过一年。仅剩一年的生命。邓布利多听到这个消息后平静地笑了。他终于得知了一个期限，在不久的将来，他终于能够不再忍受比死亡更可怕的事情，终于能够牵着阿利安娜和父母的手进入他们的世界，真的像在厄里斯魔镜里看到的那样与他们生活在一起了。

而这最后的一年，也意味着他必须抓紧宝贵的时间安排好一切。首先是被伏地魔交予刺杀任务的德拉科·马尔福。邓布利多想要拯救这个食死徒的儿子，也担心无辜的人受到伤害。他请求斯内普帮助保护马尔福，以亲手杀掉他的方式把马尔福从伏地魔的怒气中解救出来，避免马尔福的灵魂受到玷污。其次是将哈利从女贞路接走，带他造访斯拉格霍恩的住处，以哈利坦诚的分析，令他接受魔药课教师的职务；任命斯内普担任黑魔法防御课教师；在山里给格洛普安排了一个新家；考虑到费伦泽已被马人驱逐，特里劳妮离开学校则性命危在旦夕，命他二人共同执教占卜术；叮嘱哈利时刻带上隐形衣以防万一，也禁止他肆意冒险。再次，他担心哈利封闭自己独自承担内心的恐惧和担忧，建议哈利敞开心扉，将所有的事情都告诉罗恩和赫敏，这样既有了两个理解他的好朋友，也让哈利得到了两个坚定的战友。最重要的，邓布利多决定在新学年单独给哈利上课，好让他在独自面对伏地魔前了解他的魂器始末，为此邓布利多费尽周折，四处寻访可能提供线索的人，尽力收集信息。

一生的时间看似漫长，但生命烛火即将熄灭的时候，时光往往如指间流沙倾泻逝去。1997年6月的一天，邓布利多安排凤凰社成员在学校巡逻，带哈利来到他推断出的伏地魔藏匿魂器的岩洞。坚持喝掉药水的邓布利多脑海中出现格林德沃向阿利安娜和阿伯福思施咒的幻觉，痛苦地缩成一团喃喃说着不要伤害他们，忍受了强烈的精神折磨，身体也变得非常虚弱。身边的哈利成了邓布利多的依靠，他淡淡地露出因为和哈利在一起就丝毫不担心，师徒关系发生了微妙的变化，濒临死亡的邓布利多如此信任这个他从前保护在羽翼下的男孩，将生命交给哈利。二人刚安全返回霍格莫德，霍格沃茨上空飘浮的黑魔标记猖狂地表明学校被食死徒攻占，邓布利多感到事态严重，强打精神和哈利一同飞回学校于是，在哈利被迫使用守护神咒语后，是邓布利多第一时间赶到魔法部调查整个事件，提醒福吉魔法部没有权力开除霍格沃茨的学生，即使指控成立也没有权力没收魔杖。由于邓布利多的影响，魔法部改变了立即销毁哈利魔杖和开除学籍的决定。待受审时正式决定，也是邓布利多让韦斯莱先生即刻送信给哈利，叮嘱他切记不可离开德思礼家、不要再施魔法、不要交出魔杖。担心德思礼一家会将哈利扫地出门，使莉莉留给哈利的保护不复存在，是邓布利多给佩妮捎去了吼叫信，提醒她记住他最后的话，因此佩妮遵守了承诺，尽管关了哈利的禁闭，还是将哈利留在了自己家里。考虑到哈利的安全，邓布利多派凤凰社成员穆迪、卢平、唐克斯、金斯莱等人组成护卫队将哈利从女贞路4号护送至位于格里莫广场12号的凤凰社总部。邓布利多作为哈利的证人在法庭上出席，“镇定自若”，脸上的表情“极为安详”，指出摄魂怪可能已经不受魔法部控制，使哈利免于被追究责任。