为了使这条运河尽快建成通航，克林顿将工作的重点首先集中在“长的水平地段”，这一段位于锡拉丘兹（Syracuse）和赫基默（Herkimer）之间，长111公里，不需要修建任何水闸。这一段运河在一年内就建好了，使得该项工程在政治上赢得了支持。到1821年，354公里长的运河河段已经建成并投入使用，但最艰难的部分还没有开始—必须挖两条水渠连接杰尼西河（Genesee River）和莫霍克河，它们分别长244米和362米，而且其间还需要修建多个水闸。

由于受到不能直接受益的选区的反对，克林顿几乎失去了州长的职位。但是，1825年，在比克林顿自定的截止日期提前两年时，运河终于修建成功。10月26日，克林顿州长乘坐一艘由4匹灰马拉动的装饰豪华的大驳船从布法罗①出发了。随船装载了两桶伊利湖的湖水。在从运河到哈德逊河沿岸800公里的地区内举行了为期两周的庆祝活动，以庆祝这条运河的诞生。就像一位演讲家所说的：“这是一条最长的运河，开凿者以最少的经验、最短的时间和最低的成本实现了最大的公共利益。”

11月7日，克林顿带领一支由小船、驳船和大船组成的满载社会名流的船队，前往桑迪胡克①举行一场通航典礼。克林顿亲自将伊利湖的水倾注到汇集了来自莱茵河、刚果河、尼罗河以及世界上其他12条大河之水的大西洋，这个典型的纽约式仪式预示了纽约作为世界商业中心的辉煌前景，正如另一位演讲家所说的：“密西西比河谷的财宝……将通过已经建成或正在建成的渠道，源源不断地倾倒到（纽约）这个商业中心。”

伊利运河刚刚正式开通，就取得了巨大的商业成功。仅1825年就有大约13 110艘船只穿行于布法罗和奥尔巴尼之间，缴纳的税收达到了50万美元，足以支付纽约州为修建运河所借的债务了。这一年，有4万人经过尤蒂卡②小镇，而且旅客流量持续增加。一个早期的目击者写道：“站在运河无数的大桥上任何一个地方，你会看到令人无法忘怀的景象，在运河上下两个方向目力所及的范围内，都可以看到长长的船队。到了夜晚，船头闪烁的灯光，就像是一大群萤火虫在飞舞。”

坐船的许多乘客是想要离开新英格兰那些非常贫困的小山区的居民，他们准备到俄亥俄州或更西的地方寻找更好的落脚地，而在运河里航行的绝大多数货船则或是启航于，或是经过，或是驶向纽约。中西部的农产品产量猛增，以前这些农产品被迫绕道密西西比河进行长途运输，现在可以通过克林顿修建的运河迅速运往东海岸。在运河开通前，在布法罗，一吨面粉的价格是40美元，将它运到纽约需要花3周的时间，运输成本是120美元，所以当面粉到达纽约的时候，价格相当于原来的4倍。可是运河开通之后，运送同样一吨面粉只需要8天的时间，而且运输成本只有6美元，也就是说，运输面粉的成本相当于原来的1/20，所需时间约为原来的1/3。对于其他的商品也是一样。

事实上，在短短几年内，正如波士顿诗人兼医生奥利弗·温德尔·霍姆斯①（他是曾任美国最高法院法官的小奥利弗·温德尔·霍姆斯②的父亲）所抱怨的，纽约已经成为了“舔食全美国商业和金融蛋糕上奶油的舌头”。

伊利运河带来的一个直接影响就是纽约市的人口开始爆炸性增长。1820年的纽约人口为123 700，费城人口是112 000；到了1860年，这两个数字就变成了1 080 330和565 529。同样令人吃惊的是纽约作为一个港口城市的迅猛发展：1800年，美国的外来商品大约只有9%通过纽约港进入美国，到了1860年，这个比例已经跃升到了62%。