7月1日，康生又来到北大作“重要报告”，其间他竟然无视作为校长坐在他身边的马寅初，阴阳怪气地说：“听说你们北大出了个‘新人口论’，它的作者也姓马，这是哪家的马呵？是马克思的马，还是马尔萨斯的马呢？我看是马尔萨斯的马！”因为康生的“重要讲话”，北大的“批马”运动进入了高潮。

据《马寅初传》的作者彭华先生统计，1958年下半年，仅仅数月之内，《人民日报》《光明日报》《文汇报》《北京日报》《新建设》《经济研究》《学术月刊》《理论战线》《计划经济》等大报大刊，共发表各种“批马”文章60多篇，且批判的调门越来越高，罪名越来越大，帽子自然也越来越高、越大；而《北京大学校刊》和《北京大学学报》发表批判马寅初的文章竟然也有18篇之多；不仅如此，北京大学还于1959年5月公开召开了批判马寅初“新人口论”的大会。要知道，此时的马寅初名义上还是北京大学的校长——我们实在很难想象，作为校长的马寅初，看着自己管理的学校的校刊和学报，竟然连篇累牍地发表批判自己的文章，还要参加师生们组织的批判自己的大会，心中会是什么滋味！1959年12月29日，马寅初给时任教育部部长的杨秀峰打电话，要求辞去北京大学校长职务。1960年1月3日，马寅初亲自来到教育部向杨秀峰部长再次提出辞职请求。1月4日，马寅初正式向教育部递交书面辞呈。3月18日，教育部报国务院同意，批准马寅初辞职。不久，马寅初的全国人大常委的职务也被罢免。

然而在这一过程中，马寅初并不是一直被动地接受批判，相反，他一直在反思，在检讨，在坚守，在辩解，在抗争。

1958年3月21日，马寅初在北大贴出两张大字报，对自己在1957年4月27日的演讲中的一些错误说法进行主动的检讨；

1958年4月1日，针对樊弘教授和经济系学生的大字报，马寅初也贴出了《我对樊弘教授提出些意见》《我对经济系二年级谈话的内容》两张大字报。前者批评樊弘教授“太马虎”，“没有把被批评的文章好好地阅读一遍，就贸然地加以批判”；后者对经济系二年级学生提出的质疑和指责作了具体解释、说明和辩解。

1958年5月，马寅初写了《再谈我的平衡论中的“团团转”理论》一文，发表于5月9日的《光明日报》，为自己辩解。只是《光明日报》在发表该文时加了“编者按语”，明为“征稿”，实为“招兵买马”，欲以组织集团力量来进一步对付单枪匹马的马寅初。然而马寅初毅然于1959年2月，主动将此文连同《光明日报》发表时所加的“编者按语”送到《北京大学学报》要求转载，并写了《两个请求转载的理由》，欲以此扩大影响再次反击。甚至在1959年5月北京大学公开举行批判马寅初“新人口论”的大会时，他不仅亲自出席批判会，而且当场作了公开答辩。