杨元在南原突城逃出的时候身中两枪，刀伤数处，直接被人抬回了汉城。在汉城，朝鲜国王李昖搀着他的胳膊呜呜哭泣，说将军你为朝鲜辛苦了。朝鲜国王李昖对杨元一直很有好感，他还记得，在壬辰战争期间，辽东军将领对朝鲜人都不友善，只有杨元态度还算和蔼，经常居中调停。

可惜杨元伤势不轻，已经无力统军，很快便在朝鲜君臣的惜别声中被送回了国。他万万没料到，等待他的，却是一场灭顶之灾。朝廷宣布以“弃城脱逃”的罪名，给他下了大狱。

说实话，杨元真冤。

南原是一场惨败，但这场惨败的根源，是战略部署上的失误，主要责任要归咎于明军高层未能及时判明日军动向，导致杨元的三千人要面对五万日军——这仗换谁来打，都是同样的结局。更何况杨元并未一开始就弃城而去，而是认认真真硬扛了三天，给后续明军争取来了宝贵的时间。虽然他最终弃城而走，那也是血战之后的不得已。

真正该死的是陈愚衷。他第一条罪状罔顾南原战局不及时上报，导致明军反应迟缓；第二条罪状踟蹰不前，不主动策应杨元。虽然他的兵力也只有两千，但只要稍微在外围有所活动，日军必不会把全部压力加在南原；第三条罪状是毫无作为不战而逃，弃全州不说，还把大量物资留给敌人。

一个是败将，一个是逃将。一个是能力问题，一个是态度问题，谁更该死一目了然。

但明军对这两个人是如何处置的呢？

对陈愚衷的惩罚是，打一百军棍，免死充军。

对杨元，先是拿下，关了一年多，然后跟沈惟敬一齐处死。

这种厚此薄彼的处置，十分蹊跷。且不说杨、陈二人的功过清清楚楚，毋庸置疑，就算杨元对南原惨败负全责，也不至于要判到弃市这么严重。要知道，同为辽东军背景的祖承训当初在平壤城打得那么惨，都没受多大惩罚。杨元在辽东军地位比祖承训要高得多，怎么判决却如此之重？

对这种不对等待遇，朝鲜人也觉得莫名其妙。他们认为“杨总兵血战孤城，兵单援绝，则南原之败，势所然也。陈游击愚衷，拥师全城，坐视不救，则其罪固大矣。愚衷尚保首领，则总兵先就极刑，人莫不惜之”。