返回哈佛任教后，费正清被牵扯进席卷美国的反共恐慌。他被叫到政治味浓厚的麦卡锡委员会接受质询。这个委员会要调查为什么共产党能够夺取中国政权，还要调查哪些为美国政府工作过的官员应当对“失去中国”负责。1952年3月10日至11日，费正清作了听证。他在战争期间，曾与很多中国的知识分子和政治人物对话，当时没有考虑可能的政治后果。尽管他的职位在华盛顿的官僚链条里一度相当重要，但没有担任过高级决策职位，因此不是参议院调查的主要目标。但是，去华盛顿在麦肯锡委员会前作证的经历让他很不愉快，使得他在此后十年里尽量淡出公众视野，而把精力用于哈佛年复一年的课程教学。①

当费正清决定僻居哈佛校园专心任教的时候，他那部很有影响的著作《美国与中国》在1948年首次出版。1951年至1979年，这部书又由哈佛大学出版社重印了六次，出了4个修订版，成为当时最为畅销的关于现代中国的著作。这部书一气呵成、简明扼要，提纲挈领地介绍古代中国政府、社会和历史的主要特征，不过其重心仍在中国步入现代社会前的一两百年。它围绕着帝国主义和民族主义、十九世纪末中国人改革政府的尝试、中国对西方影响的反应等宽泛的主题展开，重点讲述了中国与西方帝国主义列强的互动。这本书涉猎宽广、条理清晰，为帮助各个层次的美国人在战后更好地理解中国做出了独到的贡献。它帮助他们认真地思考中国，而不是以论战的方式来对待她。费正清开始成为为美国公众解说中国的首席专家。②

①费正清的自传（Chinabound: A Fifty-Year Memoir）1982年由夏普罗出版社（Harper & Row Publishers）在纽约出版。在这本书的第四部分第173页至312页，他谈到了自己战时的服役；在331页至351页他描述了在华盛顿的听证会。对费正清的职业生涯最为彻底的研究请见伊文思的《费正清与美国对现代中国的理解》（John Fairbank and the American Understanding of Modern China）一书。这本书1988年由布莱克威尔出版社（Basil Blackwell）在纽约出版。费正清和傅高义的文件在哈佛档案馆可以找到。许多关于东亚研究中心、费正清中心和东亚研究理事会（Council on East Asian Studies）的文件也可在哈佛档案馆找到。本书大量使用了哈佛大学档案和费正清中心的材料。费正清本人认为，他能逃过那一次反共抓巫（anti-communist witch-hunt）是因为他还不是一个足够大的目标；参见费正清自传第157页。【译者按：“反共抓巫”指的是二十世纪四十至五十年代美国的第二次红色恐慌。当时美国部分政治人物大肆渲染共产主义对美国政界和文艺界的渗透，在缺乏充分证据的情况下质疑相关人士对美国的忠诚度，令很多知名人士遭到审查起诉。这场利用公众恐惧发起的捕风捉影的反共政治迫害常常被比作“塞勒姆的猎巫”。“塞勒姆的猎巫”指的是1692年至1693年在美国麻省塞勒姆市发生的逮捕审判“女巫”的行动。】据伊文思说，经过这一次磨难，其后十几年里，费正清在公开演讲和评论外交政策时都比以前低调多了；参见伊文思著《费正清与对中国的理解》第161页。这一时期，西雅图华盛顿大学远东研究所的一些中国问题专家公开批评费正清的“亲共”倾向。这些学者以及他们的东亚研究中心被认为是支持蒋介石和国民党的保守派。这样，二十世纪六十年代以及七十年代早期，在哈佛大学东亚研究中心和西雅图华盛顿大学东亚研究中心（1964年成立）之间形成了对立。哈佛大学一派被认为是左翼的、反对越南战争的，和西雅图派截然不同。伊文思在《费正清与美国对现代中国的理解》第159页中对此事有一番评论。1954年费正清在哈佛国际研究委员会（Committee on International Studies）之下设立了哈佛大学中国项目（Harvard University China Program），差不多从那时起他就已经下定决心要开展明确界定的中国研究。这个项目当时设在利陶尔中心（Littauer Center）127室。