5月8日，临时中央决定中革军委从前方移到瑞金，在前方组织中国工农红军总司令部，朱德为中国工农红军总司令兼第1方面军总司令，周恩来为中国工农红军总政治委员兼第1方面军总政治委员。这年1月，中共临时中央负责人博古、洛甫（张闻天）等从上海到达中央苏区，其后中共苏区中央局与中共临时中央合并，临时中央直接领导中央苏区的工作。

6月30日，中央革命军事委员会根据中央指示，发布了关于决定“八一”为中国工农红军成立纪念日的命令。命令指出：1927年8月1日发生了无产阶级政党——共产党领导的南昌起义，这一起义是反帝的土地革命的开始，是英勇的工农红军的来源，为了纪念南昌起义与红军成立，特决定自1933年起，每年8月1日为中国工农红军成立纪念日。7月11日，中华苏维埃共和国临时中央政府批准这一决定。

1934年1月，在瑞金召开了中华苏维埃共和国第二次全国代表大会。2月3日，在中华苏维埃共和国中央执行委员会第一次会议上，周恩来被选为中央执行委员会主席团委员和中央革命军事委员会副主席。中央革命军事委员会主席是朱德，另一副主席是王稼祥。

遵义会议后，周恩来长期担任军委副主席，和军委主席毛泽东，数十年间在军事上始终亲密合作，共商大计

1933年9月，共产国际派驻中国共产党的军事顾问李德（原名奥托·布劳恩，德国人）从上海到达中央苏区。第五次反“围剿”初期，周恩来曾经就作战方针和战役部署问题与博古、李德等人进行过多次争论，触怒了博古、李德。

11月20日，陈铭枢、蒋光鼐、蔡廷锴、李济深等人以十九路军为主力发动福建事变，反对蒋介石，蒋介石调“围剿”军入闽对付他们。12月13日，周恩来和朱德致电中革军委建议调红军主力入闽与国民党主力决战。李德等不同意红军配合十九路军作战，却将红军主力进攻国民党军构筑的堡垒线。20日，李德以统一前后方指挥为名，将周恩来、朱德调回后方，取消“前方总部”，并入中革军委机关。周恩来、朱德失去了军事指挥权。红军实际上由博古、李德指挥。周恩来曾经说自己到后方后，“李德成了总司令，我连参谋长都不如，只是一个参谋处长”。

广昌战役后成立博古、李德、周恩来组成的三人团，主要是管军事，只是徒有形式，实际是政治上由博古作主，军事上由李德做主，周恩来只是负责督促军事计划的实行。第五次反“围剿”中“左”倾错误造成的结果，是丧失革命根据地，红军不得不进行长征。

中央红军长征出发时，共有8万余人，到突破国民党军四道封锁线，渡过湘江后，只剩下约3万多人。李德的错误军事路线，有利于蒋介石的堵截，红军损失不小。蒋介石要在湘江东岸消灭红军的企图未能实现，就在红军原定计划北去湘西的路上，集中十几万兵力，布下了一个口袋，而这时博古、李德却仍命令红军按原计划去湘西与红二、六军团会合。在这个危急关头，毛泽东力主放弃原定计划，改为向敌人兵力比较薄弱的贵州前进，于是就有通道会议。