大约是将18年前那次无功而返当做了前车之鉴，这一次他们摆出来的架势明显不一样了。从登上澎湖的第二个月开始，荷兰人就开始在澎湖兴建红木埕要塞，后来又在白砂、八罩附近兴建类似的堡垒。这些堡垒多为每边56米的方形城堡，每堡安置火炮29门。红木埕要塞历时3个月完工，1150名华人劳工在期间一半病死累死饿死，幸存的571名被贩卖到巴达维亚，最终抵达的也只有65名，其余均死于途中。

外人打上门来，并且理直气壮地在你的地盘上筑窝建巢，这样的一桩事可谓大了，应该足以吸引朝廷的目光了吧？偏偏此时北方战事吃紧，后金势不可挡地攻城拔寨，努尔哈赤几乎兵临北京的门户山海关了，而各地揭竿而起者也此起彼伏，已经持续了200多年的大明江山岌岌可危。不过据明史记载，福建巡抚商周祚还是派人去巴达维亚找荷兰人谈判，请荷兰人立即从澎湖退走，理由是：“因为这岛是中国皇帝的财产。”但荷兰人不肯接受，他们提出的要求大致有二：一要跟中国通商，二要中国禁止与马尼拉的西班牙人通商。

谈判后来又来来往往谈了几回，却是越谈，荷兰人越是增兵添将。而福建巡抚的口气也一直未改变，坚持只有荷兰人离开中国管辖多年的澎湖岛以外的地方，双方才有商可通。

因此僵住了，彼此都没有退让的意思。

剑拔弩张的时候，接下去一场战争往往就紧随而来了。

明天启四年（1624年）正月，新到任不久的福建巡抚南居益决心用兵，福建水师40艘舰船运着2000多将士在澎湖北部的吉贝屿登陆，突入镇海港，筑城自守。六月，抗倭名将俞大猷之子、福建总兵俞咨皋率水师的增援部队又登上澎湖岛，对荷兰施加更大的压力，终于使退守风柜尾的荷兰人无法再坚守下去。双方议和，荷兰人从澎湖退走，退往台湾大员（即现在的安平）。

据说李旦在这件事情上起了很大作用。

年初时他的义子郑芝龙离开日本平户抵澎湖，而他在这一年八月也来到这里。因为通荷语，闽南话又是他的母语，荷兰人竟让李旦作为他们的代表，与清政府进行谈判。李旦很卖力地在海峡上驶来驶去，经过调解，这一年8月22日，双方达成协议。4天后荷兰人开始撤往台湾，而郑芝龙也与他们一同动身。

荷兰人在大员登陆后，欣喜地发现，这里并非荒芜一片，比他们想象的好，好很多，不仅有生机，还有资源。1625年2月19日，荷兰首任台湾长官宋克给上司的报告就这样描绘道：“……土地肥沃，出产非常丰饶，有鹿、山羊、猪等野兽，野鸭、野兔亦悠游其间……”

那个春天，20岁的郑芝龙离开日本长崎，到澎湖给占据岛上的荷兰人当翻译，因为聪颖好学，这个颇具传奇色彩的青年，在与外国人经商贸易的几年中，竟学会了数种外语。但他肯定志不在此。无论如何，小小的通事之职，都不可能与他踌躇满志的内心契合起来。那期间，并没有太多需要他出面翻译的机会，荷兰人反而数次派他到台湾海峡上，参与对往来的商船进行截击抢夺之举。相信这种活对郑芝龙来说肯定比当翻译更充满刺激。但抢了半天、夺得半死，一切财物却并不在他手中停留，转眼间已经全部归属了荷兰人。这个过程估计也令他颇为感慨并浮想联翩。

德韦特是荷兰第二任台湾长官，他还在澎湖任职时，曾在一封信中写道：“经过雷约兹司令的批准，我们每天都期望能够在这里集中二三十艘中国帆船，通事一官被派往北方去截击与俘获一些船只。”

这里所说的“一官”，就是郑芝龙。