清朝廷授予郑芝龙闽粤总督的官衔，郑芝龙笑纳了。一切看来很顺利，当年高官厚禄的情节似乎马上又要重复上演一次。但是这一次郑芝龙错了，错得很大。他从泉州来到福州后，很快就被押往北京，随即软禁起来。而他在泉州安平的老家，则迅速遭受洗劫。那时，他的妻子田川氏正在安平。1630年他只接回大儿子，直到1645年冬妻子田川氏才离开日本跟随他身边，但仅仅几个月，郑芝龙降清了，郑芝龙被软禁北上了，留下孤独无援的她。清兵洪水般涌来，为免受羞辱，她剖腹自尽，时年40岁。

家仇国恨沉甸甸地挤压在郑成功心头，1646年这个多事之秋，22岁的郑成功经历太多的骤然变故。他有兵权了，他挂起帅旗了，但王朝灰飞烟灭了，接着家破人亡又赫然展现。刀光血剑宛若一场连天的大雨，一下子将他的生活完全淋透。

埋葬了母亲田川氏之后，传说郑成功曾有一个焚烧儒服之举。他来到泉州市郊一座孔庙里，先恭恭敬敬地磕拜先师，然后又将从前捧卷苦读时所穿的青衣长衫点一把火烧毁了。他不再是书生，不再文弱地躲进书房与笔墨经卷为伍。他要拉起队伍，从此走入血腥岁月，走上反清复明之路。

厦门岛，那时还不过是一个荒凉的边陲小城，而距厦门仅2300多米之遥，面积平方千米的小金门，成为郑成功最初的立足之地。作为孤臣孽子，他已经没有退路。严酷的局势已经把他逼到人生的悬崖边上，他只能以一己之力，在这个苍茫的海天之间、这个小小的岛屿之上，开始了遥远而艰辛的跋涉之旅。如果这是一场赌博的话，他已经把自己的未来一丝不留地全部抵押了进去。厦门鼓浪屿图片

当然，另一种说法是郑成功起兵应该在安平，而非小金门。无论如何，一面旗子在那个阴郁幽森的年代里好歹竖起来了——招讨大将军。这曾是那位已经被清朝廷所杀的隆武皇帝朱聿键赏赐给他的一个封号，这时索性就在天地间张扬起来吧。1656年，他甚至将厦门改为“思明州”，公开昭示怀念并欲恢复明朝之意。

渐渐有人往这面旗子下聚集了，沿海各地不愿归顺异族的百姓以及郑芝龙残留的余部，他们各自带着忐忑不安与隐约的期许一拨拨投奔而来。武装队伍壮大得非常快，并且纪律严明，训练有素，很快就在中国东南沿海土地上生长拔节，成为令清王朝坐立不安的一根利刺。

无海即无家，这曾是郑芝龙一贯的理念，现在轮到郑成功将其继承与发扬了。

除了按明朝例，在厦门建立政机机构，委任吏官、户官、礼官、兵官、刑官、工官等官职外，郑成功还在厦门、苏杭等地设立商行，把内地货物集中到厦门上，然后贩运到日本。当时设在台湾的英国商馆估计，台湾每年平均有十四五艘大船赴日本贸易，另有五六艘大船赴马尼拉贸易。经济的强盛，令他的兵马迅速扩大。鼎盛时期，他所拥有的水陆精兵达到了20多万，战舰5000余艘。

顺治十五年（1658年）五月，接受吏官渊庚钟、工官冯澄世、参军陈永华等人的建议，郑成功率17万大军开始浩荡北伐。他的目的地是南京。作为明朝开国京城以及南明政权的定都之地，南京在郑成功心目无疑有着非常特殊的地位，如果能够攻下南京，并且再趁机收复长江中下游一带的广阔地区，即可以凭半壁江山与清对峙。