凤阳被起义军攻克之后，朱由检气急败坏，严令追查责任。结果凤阳巡抚杨一鹏被处死列，巡按凤阳御史吴振缨遣戍，守陵太监杨泽畏罪自杀。对起义农民，朱由检更以百倍的疯狂加紧镇压。他一面“谕中外刷国耻，尽心杀贼”(46)；一面调洪承畴所统陕西兵出关，同中原各省官军夹剿。经过一番紧张的调兵遣将，明政府终于拼凑了边、腹官兵七万有奇。发京、省、帑金一百多万两充作军饷，并且立下限期，规定六个月内把农民起义全部荡平。

鉴于陕西官军出潼关进入中原，起义军“遂由潼关、内（乡）、淅（川）诸路尽数归秦。”(47)这时，陕西的情况是“残破已极，灾荒异常”，农民们求生无望。大队起义军入秦后，饥民“从贼者如归市”，参加起义的总人数很快就达到二百万人以上(48)。

四月间，洪承畴所领官军刚到河南汝州，就得到了起义军大举入秦的消息。他只好同部将贺人龙、刘成功又拉起队伍赶回陕西，同时檄调总兵曹文诏由湖广移驻陕西商洛、兴安地区，扼守起义军出入河南、湖广的通道。就当时的形势而言，起义军主力集中于陕西，洪承畴部官军的力量是比较单薄的。然而，洪承畴迫于“六月灭贼”的严旨，只有硬着头皮命令所部将领狠命追剿。六月，李自成部围攻甘肃宁州（今宁县），明副总兵艾万年、刘成功、柳国镇、游击王锡命奉命引兵三千往援，双方交战于宁州襄乐镇。官军支持不住，被迫撤退，行至巴家寨时起义军伏兵四起，把官军包围得严严实实。艾万年、柳国镇均被击毙，部卒被歼灭一千多人。刘成功、王锡命身负重伤，领着残兵败卒突围逃走(49)。

艾万年、柳国镇兵败身死的消息传到曹文诏耳朵里，这个农民军的死敌瞋目大骂，拔刀砍地，向洪承畴请求让他出马同起义军决一死战。“承畴喜曰：非将军不足办此。顾吾兵已分，无可策应者。将军行，吾将由泾阳趋淳化，以为将军后劲。”(50)曹文诏骄横地带着三千部卒向甘肃进发，在真宁（今正宁）县境的湫头镇同起义军相遇。起义军看准了这个军阀轻敌寡谋的特点，采取诱敌深入的战术，“伏数万骑，四起合围，飞矢蝟集。”(51)曹文诏陷入重围，自知无法脱身，拔刀自刎而死。洪承畴得到报告以后，仰天恸哭，追悔不已。在明末官军中，曹文诏历来以“敢斗”著名，是个杀人不眨眼的刽子手。史载，“诸将在阵，于胁从者纵令逃去，文诏必尽杀，无一存者。（其侄）变蛟亦然。”(52)崇祯七年正月兵部题本中说：“曹变蛟一旅大为民害。数日前臣部差官收得沿途谣帖数纸云：‘宁被流贼抢，不教曹兵挡。流贼抢有限，曹兵害无穷。流贼抢民财，曹兵杀民命’等语。”(53)由于曹文诏疯狂地仇视人民，地主豪绅们才把他看作自己的一张护身符，编造了“军中有一曹，流贼闻之心胆摇”的口号给他打气。他的被李自成等部所围歼，大灭了反动统治者的威风，“关外豫楚诸官军闻之，皆为夺气。”(54)

李自成等部起义军在陕西连续取得重大胜利，给明总督洪承畴所部官军以沉重的打击。可是，当时陕西由于天灾人祸，到处一片萧条。起义军的人数大幅度增加，寻找口粮自然很不容易。所以，从这年秋天起，除了李自成等部为数不多的几支义军仍留陕西外，闯王高迎祥、老回回马守应、八大王张献忠、一字王、撞天王等部几十万人又东出潼关，进入河南。史籍记载：义军“大队东行，尘埃涨天，阔四十里，络绎百里，老弱居中，精骑在外。”明总兵左良玉、祖宽两军相隔七十里，“遥望山头，不敢邀击。”(55)