虚拟企业具有自组织的特征，自形成、自管理、自学习，自组织中没有独裁的组织者，所有的组织成员都是其所属组织的组织者，根据任务导向或某种共识，大家通过信息网络自行结合在一起，并相互协调自己与组织成员之间的关系，基于对任务愿景的理解，相应的组织过程得以顺利实现。虚拟企业的每个部分都具有独特的性质，每个要素都有自我优化、自我设计、自我创造和自我组织的自由，但都受整个商业任务的大背景制约。虚拟企业组织结构设计遵循的两个原则：①按核心能力划分虚拟能力团队。核心能力是一个整体存在知识结构和技能结构，“结构”的存在为我们寻找“差异”提供了可能。这里差异是指企业核心能力内在构造上的组成类别之间的差异。虚拟能力团队是指没有固定组织结构、明确任务目标和长期协作关系的类同能力的管理单位。根据任务需要虚拟企业未来的业务方面和业务量并不具体，根据任务需要虚拟能力团队形成具有实际功能的小组。②根据任务组成临时运作网络和虚拟工作团队。没有任务时虚拟能力团队处于分散游离状态，一旦有任务时便立即形成虚拟工作团队，它是由各个虚拟能力团队紧密形成的。任务完成后虚拟工作团队就解散，它通过运作网络进行合作形成“综合”。这里“综合”是指根据任务导向组织临时工作团队，通过合作网络来实现。