6月15日，日本政府召开紧急内阁会议，伊藤首相提出了解决朝鲜问题的新议案，第一，日清两国共同参与镇压东学党起义军；第二，乱党平息后两国各派代表若干名参与朝鲜的内政改革，如果清国不接受此议案，日军就不撤出朝鲜。伊藤相信，清国政府绝不会同意日本参与朝鲜政治改革，有意提出让清国政府难堪的议案。

６月17日，陆奥外相向汪公使递交解决朝鲜问题新议案的公文，同时电训北京小村公使知会总理衙门。正如所预料的那样，清国政府拒绝了此议案，谴责日本干涉朝鲜内政的行为。清国强调，“朝鲜内乱已经平息，朝鲜内政改革应由朝鲜自身解决，清日两国应该立即撤兵。”此时已经进入朝鲜的日本军，强硬要求政府应该与清国一战，没有理由错失良机无功而返。况且清军大部队驻扎在牙山僻壤，孤兵势薄没有优势，日本应当寻找合适的理由与清国开战。

6月22日，内阁首脑在皇宫凤凰阁召开御前会议，首相、各大臣、参谋总长、枢密院议长、海陆军部长，请求天皇“圣断”，继续向朝鲜增派军队准备与清国一战。23日，陆奥外相通知汪公使，日本将在朝鲜驻留军队，单独实施对朝鲜内政的改革。并电训大鸟公使，混成旅团余部已经出航赴朝，命令第一批上陆的混成旅团在京城完成集结部署。26日，大鸟公使拜见朝鲜国王，阐述朝鲜内政改革的必要性，同时会见了国王选定的改革委员会成员。27日，混成旅团先遣部队完成对京城各要地的控制，日、清、朝三国间战争如箭在弦。28日，大鸟公使向朝鲜外务督弁赵秉稷发出挑战性照会，质问朝鲜政府是否仍然承认朝鲜是清国的属国，要求在翌日立即答复。

6月30日，俄国驻日公使希德洛夫向日本政府递交了政府训电，要求日本应遵从朝鲜政府的要求，日清两国军队同时撤兵。英国外相金伯利也向青木公使转达了撤兵要求。当日，朝鲜国王发布《罪己诏》：“当前朝鲜国内混乱的原因，完全是由于自身的不德和官吏渎职所造成的……”尽管如此大鸟公使还是依照日本政府的既定方针，提出了朝鲜行政、司法、财政、兵制、教育改革纲领，要求改革委员会在规定限期内拿出改革具体意见。

7月3日，大鸟公使按照陆奥外相的训令，要求朝鲜政府参与内政改革，答复时间限定在8日中午。朝鲜政府被迫任命内相申正熙、内务次官金嘉镇、曹寅承三位重臣加入改革委员会，与日本共同商谈改革事宜。10日，在汉城南山老人亭，大鸟公使会见朝鲜内政改革委员会委员，提出五条二十七项内政改革案纲目，要求三日内决议、十日内实施。改革案要旨七项：第一，恢复议政制，确立六曹判书的权限。第二，严格宫中、府中的行为，宫廷不得干涉政务。第三，明确外交责任制，由专任大臣负责。第四，清除派阀、起用新人。第五，严禁买官卖官。第六，严禁官吏收受贿赂。第七，汉城及重要港湾间修建铁道，全国主要都市间架设电信线路。

上述限定日期的大鸟改革案，公然干涉朝鲜内政，在朝堂上引起强烈反对，可是政府又没有进行改革的意愿，虽然对于日本的高压十分愤怒，但政府又无力拒绝日本提出的要求。在这种情况下，他们唯一的期待就是宗主国大清帝国能有所作为。

13日，朝鲜政府在议政府内任命总裁官、堂上官，作出应和大鸟改革提案的姿态。15日，朝鲜政府通告日本，如果日本方面不撤兵，不撤销改革案实施期限，朝鲜的内政改革则无法如期实施。在朝鲜内政改革问题上，陆奥宗光后来在他的《蹇蹇录》里吐露实情：“当时日本尚不具备与清国全面战争的信心，必须制造合理借口博得国际社会的认同，减少各列强国的谴责。所谓朝鲜内政改革的提案只是空有虚名而已，清国政府一定会拒绝日本的提案。如此一来，阻碍朝鲜国家进步的责任在清国，日本和清国决裂一战就会名正言顺。”

列强仲裁

朝鲜同时受到两个国家军队介入的压力，政府请求各国政府敦促日清两军尽快撤兵。清国也迫切希望缓解紧张局势，积极展开外交运作，请求西方列强从中周旋化解战争危机。然而，日本继续以所谓改革案拖延时间，无视列强的警告，加速向朝鲜增兵。6月30日，俄国驻日公使希德洛夫送来了政府训电，向日本政府提出强硬警告，“朝鲜的内乱已经平息，日本应遵从朝鲜政府的要求，接受日清两国军队同时撤兵的方案，否则日本将负有重大责任。”俄国政府用“重大责任”与日本对话，在日本政府看来显然有通牒的意思，威胁日本对今后可能发生的事件承担后果。