在清日战争中被日军押往日本的清国俘虏簿上，有近千人的记录。这些俘虏主要来自丰岛海战“操江”舰降兵、朝鲜战场俘虏、金州旅顺战场俘虏、威海卫战场俘虏。将大量外国俘虏押往本国，是日本历史上的第一次尝试，企图充为人质或用于谈判桌上的筹码。但对当时的清国朝廷而言，在每战必败的混乱战局中，根本无暇顾及战俘的命运，清国战俘犹如被遗弃的孤儿飘落异邦。　

1894年8月23日，日本陆军大臣公布战争俘虏处理规则。俘虏收容分成“内地收容”和“战地收容”两种方式。收容所设在各地的寺院，每个寺院安置俘虏百人以下。安置待遇依照日军军阶的标准，按等级区分清军将校、下士、兵卒的居室饮食。俘虏分成班组，选定组长协助管理俘虏的日常生活。俘虏中的伤病者由各地陆军预备医院、日本赤十字社救护员负责治疗，痊愈者出院后仍回到指定的收容所。死亡者按照军人待遇安葬在陆军指定的区域，墓碑的建造以日本陆军将校下士卒的规定为基准。俘虏的被服寝具配给，从军需仓库的库存中调拨。饮食营养供给，适用《陆军给予令》第九章规定的标准，将官24钱，上长官、士官、准士官18钱，下士以下16钱；其他生活必要的消耗用品，采用现物支给的方法。各所配备若干卫兵，负责收容所的警戒、保安等管理事务，配置医务员负责收容所的日常卫生和健康管理。在所俘虏允许与国内家人通信，提供信件接收发送的便利条件，但信件内容需要经过检查，确定对日本安全无害方可放行。

战地俘虏收容所的建立是在清日马关会谈期间，李鸿章遇刺负伤后，两国签署休战条约之时，日本决定暂时停止将清国俘虏送回日本的计划，改在辽东半岛日军占领地内设置临时收容所。如果两国不能签下和谈条约、恢复和平，临时收容所的俘虏再转送日本。日本占领地设置的俘虏临时收容所，称“海城停留所”，所有关押的俘虏由占领地总督部监管。1895年5月起，海城停留所的俘虏待遇，一律按照本国在押俘虏的标准给予。

清日战争期间，清国海陆军被俘总计1,790人、战伤及病患者326人、重症治愈者231名、不治死亡者55人。依据《马关条约》第九条，两国交换战俘。1895年8月18日，日本派遣运输船“丰桥丸”前往清国直隶省新城，收容在日本本土的清军俘虏976人（在此之前，清国在天津的日本领事馆先行移交日本俘虏若干人）。9月1日，两国在清国盛京省乾线堡第二次交换战俘，日本交付海城停留所收容的清军俘虏598人，清国移交日本战俘11人（士兵1人、军夫10人）。

日军在战争中按照国际红十字会公约，对清国俘虏施以人道义务，在收容设施、医疗救助、公共卫生、膳食营养、书信往来、宣教普度等方面给予宽容待遇。这对不甚了解国际红十字会公约的清国军人来说，显然感到震惊。在得到人道救护时，惊异之下落泪者有之，合掌作揖施谢者亦有之，俘虏收容所里的清军官兵，纷纷赞叹日本给予的宽大待遇。战争中跟随日军的诸外国观战武官和采访记者，也向国际媒体报道了日本军队的文明表现。

日本在履行国际公约义务文明施善的同时，军队也暴露出残忍的一面。事实上，从战争初期开始，国际社会就对标榜文明国家的日本之所为抱有诸多疑问。最引人注目的是丰岛海战、朝鲜战役俘虏集体处刑、旅顺口虐杀事件。

丰岛海战是标志清日战争开始的第一战。1894年7月25日，联合舰队击沉了一艘满载清军的英籍运输船“高升号”。当船体被弹下沉时，清军水兵纷纷落水逃难，日舰非但不营救落水者，还向已经失去战斗力的清兵射击，公然违背国际红十字会宪章，丧失了文明军队的基本道德。一千余名清军官兵葬身海底，船内供职的四名马来西亚水夫也遭到相同命运。滥杀事件的责任者“浪速”号舰长东乡平八郎，即以此为荣，毫无怜悯之心，日俄战争后荣耀地成日本海军的军神。