朱祐樘是中国历史上仅有的两位保持一夫一妻生活的皇帝之一。一生除了张皇后外再无嫔妃。但物极必反，不但张皇后本人好奢华，张皇后的两个哥哥--张延龄与张鹤龄，更成了弘治朝至正德朝一霸。朱祐樘曾不顾“祖制”约束，为这哥俩在京城开商号，等于默许他们搞“官倒”。这哥俩的主要恶行，除了抢男霸女外，就是大肆圈占土地。对他们的行为，朱祐樘有时候也采取一些啼笑皆非的处理方法：一次大理寺核查土地，秉公处理了张家兄弟强抢民田的案子，张皇后闻讯大怒，跑到朱祐樘处哭闹。结果朱祐樘耍起了“两面派”，先在张皇后面前假装生气，斥责大理寺办案不公，等着把张皇后哄高兴了，赶快偷偷派太监去大理寺传旨，内容很荒唐：“这次核查土地，你们做得对，每人赏白银一百两。但是我今天夸奖你们的事，一定一定要保密啊，千万不能让皇后知道啊！”包庇外戚也成为其政治污点之一。

朱祐樘的另一大弱点，就是偏听偏信，虽然有“纳谏”的美名，但他的“纳谏”是有底线的，一是不能批评他父亲当年的行为，二是不能牵涉他所信任的宦官。前者如他登基初最信任的老臣王恕，仅因为王恕写了本书，标榜自己在朱见深时代直言进谏的光荣事迹，并委婉批评朱见深的过错，接着就被朱祐樘打发回家养老了。后者如弘治五年（1492）著名的“两京之狱”，南京和北京的言官们，集体弹劾南京镇守太监蒋琮等人的贪赃枉法行为，本来朱祐樘还犹豫不决，但蒋琮对朱祐樘辩解说：“这些御史们，就知道弹劾皇宫里的人，从来就不知道弹劾文官。”一句话就激起朱祐樘怒火，接着作出了一个极不公正的处理：所有涉案的宦官，一律无罪，所有涉案的言官，轻则降职，重则罢免！《明史》上对此的评价是：从此言路渐稀。

朱祐樘执政最大的失策，就是忽略了对儿子朱厚照的培养。作为朱祐樘的独苗，当时的太子，后来的明武宗朱厚照，在朱祐樘执政时代最大的毛病，就是贪玩。朱祐樘在世时，讲官吴宽就给朱祐樘诉苦说：“东宫的讲学，太子经常旷课，而且伺候太子的太监们，更巧立名目，帮太子偷懒。”而当时帮朱厚照偷懒的几位宦官，便是后来把持朝政，以“九千岁”刘瑾为首的“八虎”。