朱厚照在用人上，最遭士大夫批评的就是宠信宦官，疏远文臣。然而在《明实录》中，朱厚照对此倒有自己的看法，他自己说：“文官中十个人，最多也就三四个是好的，宦官中十个人，却能有六七个是好的。”这样的倾向性，也伴随他整个执政时代。

按照许多史料的说法，朱厚照应该是明朝历史上最变态的皇帝，特别是享乐到变态。比如玩女人，不但他的“豹房”里养了成百上千名各族女子，伺候他享乐，《明实录》里还说，他喜欢天天晚上带人在北京城里瞎逛，看到大户人家的院子就闯进去，然后四处搜索美女，看中了立刻带走，尤其喜欢寡妇。他巡游北方边境的时候，伺候他的美女，装了满满几大车，而且一路上招摇过市，可谓满路春色。另外《万历野获编》等明人笔记里，还说他上朝的时候，带着豢养的宠物猴子一起见大臣，朝堂之上猴飞狗跳，乱作一团。视察边境的时候，还故意穿上蒙古人的衣服，在边境线纵马驰骋，扮演蒙古人来取乐。对于他的不正经，连大明的附属国朝鲜都有话说，朝鲜《李朝实录》中记载：朝鲜使臣回国复命的时候就说，朱厚照的种种行为，跟隋炀帝陈后主等昏君并不一样，他就是一个孩子。

朱厚照被认定是“昏君”的另一个罪名，就是虐待大臣。除了责罚过给他提意见的大臣外，还经常给大臣们搞点“恶作剧”。《明实录》里记载，正德十一年（1516）正旦节，满朝文武依据惯例，去宫内向皇帝朝贺。但朱厚照一看大臣们各个穿得板板正正，就格外不喜欢。就故意放大臣们鸽子，躲在宫里不出来。可怜一干文武大臣，从大清早一直站到晚上，各个饿得两眼昏花，见皇帝见不到，走又不敢走。直到天色擦黑，朱厚照才派太监传旨，说皇上今天不来了，大家都回家歇了吧。早就疲累交加的大臣们如遇大赦，连忙争着往家跑，却不想在午门外相互拥挤，竟然有多名大臣被挤到，发生了明朝版的“踩踏事故”。《明实录》里说，整整一个小时的事故中，大臣们儿子喊爹，属下喊领导，仆人喊主子，惨叫声、呼救声“声彻殿宇”。事后统计伤亡，右将军赵郎被当场踩死，三十多名大臣受伤，连内阁大学士梁储胳膊都被踩断。事后，朱厚照也曾表现悔意，他没有去见大臣，但死者赵郎的葬礼，他曾亲自参加，所有在事故中受伤的大臣，也都得到优厚抚恤赏赐。

而被批评虐待大臣的朱厚照，对于大臣，却也有他宽容的一面。除了厚待杨廷和等重臣外，对于许多得罪他的大臣，他非但不恨，相反却非常敬佩。比如他南巡扬州，在当地恣意玩乐，扬州知府蒋瑶非但不逢迎，相反处处和他“针尖对麦芒”。朱厚照向蒋瑶索取银两，蒋瑶拿着自己老婆陪嫁的首饰哭穷说：“我家里就这些东西，皇上您看着办。”朱厚照又向蒋瑶索取当地的特产琼花，蒋瑶反而嘲讽说：“琼花这东西我们这里原来有，但自从宋徽宗被抓走以后，它就绝迹了。”其实是嘲笑朱厚照是北宋亡国之君宋徽宗。这样一个给他添堵的官员，朱厚照非但不怒，当场一笑了之。事后蒋瑶虽然遭朱厚照的太监挟私报复，被用铁绳子捆在朱厚照的车队里，随朱厚照一直北归到山东临清才释放。但后来却官升陕西参政，再未受任何责罚。后人的史书中，给朱厚照加过许多“贬义词”，但唯独没有人说，他是个暴君。

朱厚照带兵打仗时也是很正经的。对他抨击颇多的《明实录》中，详细记录了正德十二年（1517），他率兵北征时候的表现。当时他从宣府出发至前线，一路往返千里。朱厚照身着军服，腰跨弓矢，拒绝乘坐侍从们给他准备的舒适马车，反而纵马行军草原上。一路上风雪大作，道路艰难崎岖，等到大军回师的时候，他身边那些亲随宦官们，好多都因为劳累过度病倒，却唯独朱厚照风采依旧，斗志勃勃。朱厚照在那一年发动的战役，就是明朝历史上被嘲笑极多的“应州之战”，即朱厚照率领六万大军，在应州地区与蒙古鞑靼可汗巴图蒙克血战。按照正史的说法，明军虽然击退了敌人，但仅仅斩首了十六个人，自己却阵亡了五十六人，属于不折不扣的败仗。同时《明实录》中却承认，自从那一战打完后，原本年年侵扰明朝边境的巴图蒙克，之后再也不敢深入明朝边陲。显然这场战争的结果，在《明实录》中遭到了歪曲。