朱厚熜在登基之初，一个重要的诏令，就是广开言路，鼓励言官大胆进言，并为朱厚照时代获罪的言官平反冤案。但在他大多数执政时间里，对于言论，却多采取压制方式。他压制的方式，就是“杖责”。他杖责的方式，是非常“零距离”的。比如嘉靖四年（1525），云南御史郭楠上奏，要求抚恤“大礼仪”之争中的获罪官员家属，朱厚熜立刻下令，命令锦衣卫带着大棍，乘快马八百里加急，就为了到万里之外的云南打郭楠二十大板。嘉靖十三年（1534），户部给事中张选要求朱厚熜亲自拜祭孔子，恼怒的朱厚熜不但杖责张选，甚至还特意跑到牢房隔壁，亲自听殴打张选的棍子声。嘉靖十九年（1540），朱厚熜想闭关炼丹，太仆寺卿杨最上奏说：“臣就是被陛下打死，也要上奏劝阻陛下。”朱厚熜看完后立刻说：“那就把他打死吧！”结果，杨最被活活打断了气。

狭隘猜忌的朱厚熜，对大臣的不信任，几乎到了极其苛刻的地步，甚至一点儿芝麻大的小事，都有可能招祸。朱厚熜对待大臣，表面上很亲切，经常拉着大臣拉家常，甚至讨论学问，但就在温情脉脉间，可能稍微不注意，就会招得他当场翻脸。嘉靖二十五年（1545），朱厚熜一次召内阁首辅严嵩和吏部尚书熊侠，说要一起对对子，他出了个上联叫“阁老心高高似阁”。就这一句，吓得严嵩当场“扑通”跪倒，捣蒜般地磕头，浑身冷汗直冒。朱厚熜接着冷冷地说：“你要是对不出来，我这里倒有一个下联--天官胆大大如天。”话音未落，旁边的熊侠也紧跟着“扑通”跪下，连磕头的劲儿都没了，浑身哆嗦得如筛糠。这个对联连起来的意思就是：做内阁首辅的严嵩，心气太高了，高得内阁首辅这个官都容不下他了。做吏部尚书的熊侠，胆子也太大了。大的都要比过天了--你们俩以后都给我老实点！

尽管朝野争斗不断，但在朱厚熜执政的前二十年，除了大礼仪之争外，在国事上也同样作了许多努力。主要包括整顿吏治、提高政府效率以及改革赋税征收方式。从朱厚熜登基开始，明王朝在政府管理上就有了严格规定，每天散朝后，各级官员必须立刻回衙门办公，并有严格的考勤制度。而赋税的改革，则改变了以往明朝税收征收名目繁多的弊端，从嘉靖九年（1530）开始，明王朝将原本分散征收的税收项目，折合成秋粮统一征收，从此化繁为简。这两项改革，不但在当时收到了成效，在后来的万历朝，更演变成张居正改革的两项核心内容--考成法与一条鞭法。