公元132年到135年的所谓的巴尔库克巴叛乱是巴勒斯坦地区爆发的，对罗马地位威胁最大的起义，也是犹太人第一次克服了他们派系斗争的恶习而团结到了一个共同的领导之下，也就是神秘的西蒙·巴尔库克巴（Simon Bar-Kochba）。是什么引发了第三次大起义还富有争议。罗马人在任何重大场合都绝不会排挤犹太人，但是他们并不信任犹太人，因为他们认为犹太人是潜在 的第五纵队，他们深深地记得图拉真的帕提亚战役中被犹太人“背后捅了一刀”的痛苦。有人说，哈德良对割礼的严厉禁令是导火索，但更可能的起因是他把耶路撒冷重建为罗马人定居地，特别是考虑到后续的事件，也许来自于受藐视的安提诺乌斯的新的狂热信徒。因为很明显的原因，这个皇帝发迹于东方。无论如何，犹太人的突然起义让罗马人惊慌失措。当他们认识到他们小心翼翼的计划已经引起了造反的时候，他们难以置信，并愤怒地予以反击。犹太人游击队在全国范围修建了地道网络。在斗争中，他们在武装自己方面展示出了天才般的才能。得知哈德良对军队的管理事无巨细，绝不采用不合格的武器和盔甲，犹太工匠故意生产出有缺陷的武器，因为知道这个极其挑剔的皇帝会弃用它们。这些武器装备被正式弃用了，但被犹太人秘密收集起来再次加工以备时机来临时加以使用。由于不知不觉地中招了，罗马人很快就处于不利境地，尽管他们有两个军团和超过十二个辅助军团参战。战斗一开始就处于绝望境地，极其血腥，埃及军团的十二分团几乎被彻底消灭。巴勒斯坦大部分地区很快就落入西蒙·巴尔库克巴之手。一个令人恐惧的狂热人物诞生了，据说他屠杀了这片土地上所有的基督教徒，因为他们拒绝帮助他抵抗罗马人。

就像大部分其他才能出众的皇帝一样，遇到军事危机的时候，哈德良作出了这样的反应：他动员了所有最好的将领和精锐部队赶赴危机现场。他任用提纳厄斯·鲁弗斯（Tinaeus Rufus），一个犹太人视之为恶魔的人。鲁弗斯带去了他最好的将军，来自遥远不列颠的塞克斯图斯·尤利乌斯·塞维鲁（Sextus Julius Severus），以及来自这个岛屿的精锐模范部队。在开往战争前线的路上，塞维鲁和他的军人们清除了莱茵河-多瑙河前线的其他部队。也许正是基于此战绩，在之后哈德良回罗马的路上，在多瑙河上对他进行了授勋。塞维鲁得到了最好的奖赏，他可以带走所有的军事新秀去巴勒斯坦：斯塔提乌斯·普里斯库斯（M. Statius Priscus）、森瑟瑞耶斯·科尔内尔亚努斯（M.Censorius Cornelianus）和洛厄留斯·乌比库斯（Q. Lollius Urbicus）。直到公元134年，塞维鲁才似乎显得准备好开始作战。他进行了一场聪明的消耗战，绝不和敌人硬碰硬。通过中断食物供给、切断通讯、解决掉队士兵和伏击后卫部队，逐渐地、无情地收紧巴尔库克巴的包围圈。在无情的焦土政策期间，他打掉了50个犹太人警戒部队，把985个村庄夷为平地，以致即使是一只头上飞过的乌鸦都不得不自己随身携带它必需的食物及必需品。随后发生了无数血腥小规模冲突和迷你战斗，但在巴尔库克巴最终被围困于耶路撒冷西南面6英里以外的伯沙尔的城堡以前，塞维鲁一直小心翼翼地，从没有将其部队投入一场决定性的战斗。经过绝望的抵抗后，这个犹太人抵抗者被饥渴打败了。公元 135年后期（也许是136年的早期），罗马人经过激烈战斗，杀死了这个狂热的反叛领袖。他的头被割下来送到塞维鲁面前，传说塞维鲁看到这个首级的时候，有一条蛇盘绕在首级上。塞维鲁发表了一番言论羞辱这个让他付出如此巨大伤亡代价的犹太人，他在耶和华的修道院里严厉地说道：“如果他的上帝没有杀死他，那是谁把他打倒了？”这种胜利姿态的背后，是残酷而激烈的战斗。双方的伤亡都是极其惨重的，历史学家卡西乌斯·狄奥宣称，这次战争中，超过58万犹太人在战斗中被杀死。 

哈德良凶残杀戮的经历也许来源于其思想的反应。在他统治的最后两年里，他撕下了亲善的面具，露出了杀气腾腾的凶残本性。他在罗马帝国王位继承权的决策上陷入了困扰，他希望按照自己的意愿作出决定，因而必须铲除所有的障碍。幸运的是，马可如此受宠爱以至于哈德良把他看成是团结赛恩尼乌斯家族和安尼乌斯家族的关键人物。哈德良最初选择的继承人是公元136年的三大执行官之一，他34岁，名叫赛恩尼乌斯·康茂德，这个选择让学者们总是感到很迷惑，因为他太不合适做继承人了，他对什么都是一知半解，而且健康状况欠佳，虽然容貌英俊，但是可能已经得了严重的结核病。哈德良的下任皇帝的希望人选是阿维狄乌斯·尼格里努斯（他为人所记住是因为他是普劳提娅的第三任丈夫，而赛恩尼乌斯·康茂德娶了她的女儿），但是在公元118年，哈德良捏造了某项罪名把他处死了。选择赛恩尼乌斯·康茂德，尼格里努斯女儿的丈夫，是有道理的，因为哈德良准备继续提拔赛恩尼乌斯家族。这个选择也许是承认，当初处死尼格里努斯是一个严重的错误。哈德良把赛恩尼乌斯·康茂德改名为埃利乌斯·恺撒，宣布其为皇位继承人，并命令其他所有可能的皇位继承人自杀，使得没有其他人可以竞争皇袍。尼格里努斯和康茂德都比埃利乌斯或马可更有继承资格。不可避免地，有谣言称埃利乌斯·恺撒是哈德良和普劳提娅（老赛恩尼乌斯·康茂德的妻子）的私生子，但是我们不必对此说法太过认真。毕竟，哈德良对马可的偏心也是以同样的方式令人难以置信地表达出来的。更荒谬的说法是，赛恩尼乌斯·康茂德是哈德良的同性恋恋人，毕竟，自从安提诺乌斯的丑闻之后，什么事都被认为是可能的。