9月15日，四川省发生反对铁路国有运动，风潮甚炽，民意已不可侮。

10月31日，四川铁路风潮日盛一日，革命党人纷纷归国。黄氏也感到不久将有大事发生，不得不及早安排归国之计。

11月12日，武昌起义的稍息传到，黄氏欣喜之余，绕室多回未知所措。而同居的日本友人已来祝贺。

4日，留学生召开全体大会，决议一齐回国，做革命军的后援。

15日，革命军占领上海。黄氏决定归国，向学校申请休假两个月，又向同盟会的左仲远借30日元，另用衣服和书籍做抵押又得30日元。至邮船公司购船票时，始知一星期内的船票已售清，故只有等待下周的船期。

16日，各地督军宣告独立。第六镇统制吴禄贞(日本士官学校毕业)在石家庄首先发电赞成共和，清廷大为震怒。

22日，黄氏与友人二十余人登上归国之途。船上挤满了留学生。船长为三等舱的留学生供给二等伙食。

27日，黄氏抵上海。是日报纸全部报导革命军的消息。

28日，黄氏到中国公学访黄兆祥，黄氏告以南京政府将于短期内成立。

29日，上海各界在张园召开国民大会。太太和小姐们纷纷揖献贵重金饰。

30日，日本某报章刊出干涉革命的议论。黄氏读后愤极，写了《就武昌起义请日本政府及国民严守中立》一文。

12月1日，左仲远从日本返，宿日本旅馆。黄氏往访仲远，与他一齐赴南京会宋教仁，陈述自己的意见。2日晚，返上海。

14日，张园开大会，欢迎孙中山。

17日，黄氏等数十人推熊秉三为首领，组成共和协会。

18日，黄氏发函促湖南都督谭延闿拨款接济东京留学生归国。

1912年1月，黄氏返长沙会谭延闿。日本留学生中也有些人加入省政府工作。

2月18日，黄氏离长沙，29日抵东京。

3月17日，黄氏宿于小石川的苍龙窟，埋首温习功课。因自武昌起义以来约有半年，头三个月请假返国，而再过两个月便届毕业之期，为了应付八科的毕业考试，故非用功不可。

25日，黄氏托早大友人代购《早大讲义录》。

4月2日，张少留抛下冈本母子，独自返国。黄氏对冈本甚表同情。

6月24日，考试完毕。

7月1日，黄氏往大森租房子。

5日，东京友人来函，得知毕业考试已合格。黄氏见到八年间的苦辛总算有了结果，心情舒畅。

7日，黄氏写信告诉家人毕业的消息，并嘱以后不必再寄信来。

12日，屋主之妻做寿司款宴黄氏，鱼则火烤而食。

17日，黄氏归国。五大箱书籍则托邮船公司代运。与向北翔、张凌云一起从新桥出发，送行的有9人。18日，一行人从横滨乘大疑丸号轮船返国。

24日，抵北京。

黄氏归国后，黄氏的友人中有不少人在政界中活动，而他的周围也常有宋教仁、熊秉三等人来往，从事政治活动。1913年4月刊行的留日共和党人士的机关报《谠报》（在东京印刷，上海发行)，其发起人有黄尊三、彭世躬、何迺祺和蔡培等人。但黄氏似乎始终以教育事业为主业。他做过中国公学、江汉大学、民国大学等教授(最后任民国大学的总务长)。在此期间，他从日本邮购了不少书，翻译出版的书似也不少。在他的日记中记录由他编译的书即有8种之多，是著作抑是译述则无从知道。在《中译日文书目录》中载录了两种，确知是他翻译的：

姊崎正治著，黄尊三重译：《释社会问题》，内务部编译处，1920年。

穗积重远著，黄尊三、萨孟武译：《法律进化论》共二册(商务印书馆之法政名著本），1929—1930年。