9月17日，卢日科夫被召到克里姆林宫。梅德韦杰夫的办公厅主任要他“悄悄地走人”，但他没有悄悄走人。他先去奥地利休了一个星期的假，然后在9月27日给梅德韦杰夫写了一封信，指责他发动了一场“空前的污蔑运动”，想要赶走一位“太独立、太难管”的市长。卢日科夫要求恢复市长选举，还说梅德韦杰夫要把他赶下台的唯一目的就是要把他自己的亲信安插在市长的位子上，使他自己在将来的总统选举中胜算更大。“你有两个选择，”卢日科夫写道，“如果你有足够理由的话就开除我，要不就公开疏远那些帮了你这个忙（策划抹黑宣传战）的人。”第二天早上，梅德韦杰夫解除了他的职务，说他“失去了总统的信任”。

任命新市长花了整整两个星期的时间—这说明普京和梅德韦杰夫在人选问题上难以达成协议—最后选中了普京的得力助手谢尔盖·索比亚宁。他是普京的办公厅主任，是普京一手提拔起来的。（顺便要说的是，他在首都才住了5年，对这个他即将掌管的城市一无所知。至于莫斯科臭名昭著的交通拥堵，他只是在乘坐政府配发的轿车沿高官专用道飞驰而过的时候透过黑色的车窗玻璃扫过一眼。）如果卢日科夫怀疑得不错，梅德韦杰夫确实想安插他自己亲信的话，那么这场重要的战役他败给了普京。以后他还有更多次失败。

梅德韦杰夫就任总统以来力图建立自由开明的形象。但石油大亨米哈伊尔·霍多尔科夫斯基仍然身陷囹圄，这使得梅德韦杰夫的努力效果大打折扣。霍多尔科夫斯基到2011年底服刑期满，但他的敌人（霍多尔科夫斯基特别点名副总理伊戈尔·谢钦）坚决要多关他几年，无论如何也不想让他在议会选举和总统大选之前获释，于是2009年2月对他进行了第二次审判，对他提出的新指控完全不合情理。第一次审判已经判他犯了诈骗罪和逃税罪。这次检方想证明他和另一个被告人普拉东·列别捷夫侵吞了尤科斯从1998年到2003年生产的全部石油—可是过去检方说尤科斯出售了那些石油，却没有上缴应缴的税款。如果已经确认石油是霍多尔科夫斯基“出售”了，那么怎么可能又被他“偷窃”了呢？

工业部长维克托·赫里斯捷恩科和前经济部长格尔曼·格列夫都出庭作证，对检方的指控提出怀疑。这似乎给辩方打了一剂强心针。格列夫说：“如果发现有侵吞的事情，应该会向我报告。”赫里斯捷恩科则表示，他不知道几百万桶石油消失的事。

不幸，霍多尔科夫斯基的辩护律师们没有高兴多久。法官本应于12月15日作出判决，但那天一早来到法院的记者们却看到门上贴了一张通知，说宣判推迟到27日，却没有任何解释。也许有一个解释：第二天，也就是16日，总理要出席一年一度的电视连线节目，一定会有人问他有关这场审判的问题。那就尴尬了，普京要想影响判决肯定也太晚了。现在判决推迟，他就可以利用回答民众打电话问问题的机会公然干涉司法进程。当有人问到这个案子的时候，普京说，“小偷就得进监狱”。这听上去像是向当时正在斟酌各种选择的丹尼尔金法官发出的直接命令。就连梅德韦杰夫总统都不认同这么公开的干涉。他在电视采访中说：“任何官员都没有权力在法院宣判前发表对案子的立场。”这是梅德韦杰夫第一次超越了仅仅发表与普京稍有不同意见的界限，实际上是公开的申斥。

可是这对审判的结果没有丝毫影响。丹尼尔金法官按照强人的意志宣判霍多尔科夫斯基有罪，并判处他14年徒刑，与对他的第一次判决合并执行，时间追溯到他被捕的2003年。他要等到2017年才能重获自由。