要查，蒋介石碰到的第一个困难是，孔祥熙不在国内。1944年6月，孔祥熙被派赴美，出席国际货币基金世界银行会议。他患有膀胱结石病，会后即留在美国治病。1945年4月10日，蒋介石致电在纽约的孔祥熙，指出在停售美金公债后，仍有1100万余债券在继续交易，应予追缴，电称：“拟查美金公债剩余部分有壹千壹百余万元，预定户在停售受，付价给券，不合手续，应即将此壹千壹百余万元之债券，饬令该行经管人员负责，全数追缴归还国库，不得贻误，并将追缴之确数呈报。” 4月11日，孔祥熙复电称：“此事当时经过实情为何，弟不详悉，已将钧电转主管局长迅剋遵办，并严令责成负责，追缴齐全。俟弟病稍愈，即当回国亲自处理。”（央行发行美金公债舞弊案抄件，1945年4月，台北国史馆馆藏档案）说“不详悉”，不是不清楚，也不是很清楚，可进可退；至于“迅剋遵办”，“严令责成”等语，都是老于官场的说法。

通过追查，蒋介石已经初步掌握案情，但是，孔祥熙不回国，调查难以深入。4月14日，蒋介石日记云：“美金公债舞弊案已有头绪，须待庸之病痊回国也。”接到孔的复电后， 蒋介石很失望，4月30日日记又云：“接庸之电，令人烦闷，痛苦不知所止。”“中央银行问题甚难解决也”。中央银行长期掌控在孔祥熙手中，其势力盘根错节，蒋介石已经感到，美金公债舞弊案和中央银行的问题比较棘手。

后来，蒋介石逐渐发现，有大量债券去向不明，曾经在《日记》“杂录”栏中记下了一组数字：“美金公债案；甲、各省市售出四千三百万元。乙、国库局交业务局五千四百万。丙、预售户有收据者只四千二百万。丁、尚差数一千六百六十余万元。”这1660余万美金公债的差额就是蒋介石要追查的地方。5月22日，蒋介石因中央银行业务局的黄金舞弊案发现重大嫌疑，电召孔祥熙速回。