皇家田庄的宦官们见征税大有甜头，便纷纷私设征税点。为此，1502年明中央政府明令禁止此恶行。

同时，征税时暗中索取、罚款、强迫捐献等事情也屡禁不止。

还有严苛的惩罚偷逃税的措施，例如：税收清单上的商品有一件没有缴纳税款的话，清单上的所有商品都要双倍缴纳。而且征税的随意性也很大，税如何征、哪些该减免完全由征税官员做主。

此外，重复征收严重，例如从河西务到北京这一河段上就有三个收税站。

明中央政府和皇帝本身为了某项事务，也往往强行向商家无端征税，美其名曰“捐献”。例如1465年都察院右佥都御史吴琛就建议对通州、徐州的船只征收“济漕”费，也就是要求商家无偿帮助官家的漕运。理由就是为了国防建设，“国”好了他们自然就好了。

明政府既然如此大规模、大幅度地征税，那么，税收成绩肯定很好了。然而，从数字上看，商业税并不多，例如1488年，全国的货物税和通行税总计4600万贯钞。该年钞和银子的比价是1贯折合0.003两，因此，折银为13.8万两。

1544年，全国的货物税和通行税总计5200万贯钞。该年钞和银子的比价是1贯折合0.005两，因此，折银为26万两。

然而，万不可被假象迷惑。真实的税收则远不止26万两。因为上述征税的弊端，真正进入中央财政的税收不及真实税收的十分之一。据黄仁宇先生估计，每年光在京杭大运河上运输的棉布价值就高达50万两。而棉布只是十种大宗商品中的一种而已，况且棉布与木材、食盐、粮食等相比，其每年运送的数量要低得多。因此，全年实际上的商品货物价值，估计1000万两是没有问题的。那么，保守估计，每年仅货物税就可以征收33万两，比全国的商业税收还要多，即使我们承认十分之一这个数字，那么，其余十分之九的税又跑到了谁的口袋里去了？

除了前面提到的政府（各级、各种权势人物）的税收盘剥外，商人中的官僚商人、与官员联合的巨商富贾和走私者的偷税行为，都是造成税收不能进入政府口袋的原因。

更为严重的是，走私经济下许多商人的财富在短时间内膨胀，不但使税收出现问题，更使“官斗不过吏，吏受制于商”这种现象成为常态。因为，官一般是外派的，而吏则是当地人，官要是想做事只能靠吏，而吏的收入则需要搜刮民脂民膏，这样商人就在某种程度上成了吏的“老板”。到后来，商人甚至到了影响地方政局的地步，而这又加强了“白银帝国”的负面因素，从而使晚明亡于商人的证据更加充分了。