这份协定有几个值得注意之点：

第一，中美合作所规格很高，是由中、美双方的最高当局（蒋介石、罗斯福）亲自批准并亲自授权签订的。

第二，宗旨非常明确，它是为抗日战争设立的，抗战结束便随即结束。

《中美特种技术合作协定》中文版（原件影印部分）

第三，中美合作所的权力执掌，是以中方为正职，美方为副职，一定程度上表示了对中国主权的尊重，同时也规定，所有工作必须由双方共同协商决定。

第四，关于梅乐斯的“战略业务局驻华主任”一职，梅乐斯系美国海军上校，为了协调美国海军与陆军情报部门之间的关系，需要梅乐斯以正式驻华人员身份签字，特别为他安排了一个属于陆军的“战略业务局驻华主任”职务。当然这也为后来美国海陆军之间争夺中美合作所的指挥权埋下伏笔（后来，当梅乐斯与战略业务局局长邓诺文发生尖锐矛盾时，该“驻华主任”一职被撤销）。

第五，它所规定的任务，相当多是在日寇占领区内的空中或地面，即要求人员从事敌后活动，危险性非常大（后来不少人为之牺牲）。

第六，在经费上，美国承担了战争所需的主要的、巨额的费用。中方承担的，仅仅是双方的办公条件、中方人员自己的工资待遇、美国物资的国内转运费。即使是这样，中方拮据的战时经济也难以承受，并且造成了矛盾。后来所见许多中方人员的回忆录，都发牢骚说，美国人的伙食标准很高，中国人的食物粗劣还量少，完全为天壤之别。

中美所旗帜上的标志，

梅乐斯称其为“这是什么？”

此外，出现了“心理作战”，这个名词对中国人来说很新鲜。唐纵在1944年7月2日写了他对心理战的理解：“中美合作所送来心理作战计划，这正是最高情报会议委座（指蒋介石）所指示的意见。此计划包含：（一）造谣、散布谣言以引起敌方之疑虑、纷扰、恐怖；（二）神秘广播、伪造播音以扰乱敌方之听闻；（三）印刷、伪造文件、情报或书刊等，以引起敌方之滋扰与错误其判断。总之心理战争是以观念、思想、精神为武器而打击敌人，使敌人不知武器在何处，而受严重无形之打击。”