中美合作所的情报单位密切配合美国海军的太平洋舰队，及时提供气象情报和日军舰船调动的情报；它所训练、装备、指挥的游击部队，与中国东南沿海沦陷区的抗日武装（有正规军也有民间力量）协同开展敌后游击战；在豫湘桂战役中，破坏日军交通线，掩护我方人员物资大撤退；在日本舰船出入的沿海港口布设大量水雷；营救了许多降落在沦陷区的美军飞行员；与陈纳德率领的美国志愿援华航空队（即“飞虎队”）密切合作，不仅为飞虎队提供气象情报以及日本船舶准确位置的情报，而且有效清除机场周围的日本间谍及其电台；在战争末期，由中美合作所训练和指挥的游击部队，探测并清除广东、福建沿海各港口的爆炸物、障碍物；在日本天皇宣布投降后，迅速制伏企图反抗的残余日军，为正规部队接管城市港口扫清障碍。

美国海军部对于中美合作所的活动给予肯定，当日本战败并已经签署了投降书之后，1945年9月13日，美国海军在一次官方新闻发布会上，首次披露了一个“保守得最好的军事秘密”：中美特种技术合作所，在美国太平洋舰队彻底打击日军占领的岛屿、日本海军及整个日本的过程中，作出了巨大的贡献；如此成功来自中美两国人民间自然而坚固的友谊，及其抗击共同敌人的坚定决心；与美国设在中国的其他战时机构不同，中美合作所是一支中美两国人员并肩生活、工作和作战的亲密无间的队伍。