8月8日至15日召开的国民党二届五中全会上，蒋介石任命冯玉祥为行政院副院长兼军政部部长、阎锡山为蒙藏委员会委员会长兼内政部部长、李宗仁为军事参议院院长，并希望三人长住南京，共商国是。

接着，杨永泰建议蒋尽快召开编遣会议，“杯酒释兵权”，用政治方式削去“诸侯”兵权。1929年初春，编遣会议召开，但出乎蒋的意料，各路“诸侯”在裁兵问题上互不相让，争论不休。尤其是冯玉祥，称病请假，消极对抗，致使蒋抱极大希望的会议草草收场。

既然政治方式不能“削藩”，只好诉诸武力。按照杨永泰的建议，蒋介石决定首先用军事手段消灭桂系的李宗仁、白崇禧。当时，桂系势力盘踞着从广西、广东经两湖直到山海关长达千里的战线，摆下了“一字长蛇阵”。如何破掉李、白这个互相配合的战阵？杨永泰向蒋介石建议：先击首腹后斩尾，武力进攻和政治分化双管齐下；先解决武汉、平津桂系驻军，尔后直捣桂系广西老巢。

1929年3月，蒋桂战争爆发。蒋介石先把同桂系站在一起的李济深诱到南京加以软禁，任命陈铭枢、陈济棠统治广东，然后委派唐生智携巨款去天津活动老部下李品仙倒戈反桂，不用一兵一卒便使白崇禧仓皇出走。接着，蒋介石统率大军直捣武汉。

为了实施武力进攻与政治瓦解相结合的策略，杨永泰秘密来到香港，与受桂系排挤的俞作柏洽商。他凭着三寸巧舌说服了俞作柏，并许诺：“如果俞将军活动李明瑞、杨腾辉倒桂成功，中央委你为广西省主席，省府委员由你决定。”

杨永泰陪俞作柏来到南京后，蒋介石立即委任俞为“国民革命军总司令部上将参议”，由杨永泰协助到汉口，与桂系第四集团军第七师师长李明瑞秘密接触。当蒋介石的中央军与桂军一交火，桂军前敌总指挥李明瑞便阵前自动脱离战斗，致使桂军一败涂地。李宗仁、白崇禧退守广西。蒋介石率各路大军齐向广西合围，桂军大败。李、白二人被迫逃到香港。

就这样，杨永泰协助蒋介石首先平定了桂系。

蒋桂战争接近尾声时，冯玉祥统率西北军单独反蒋。蒋介石再次采用杨永泰的计策，用经济手段瓦解冯玉祥的军队。1929年5月22日，冯玉祥部下韩复榘由洛阳发出“养”电，力主维护和平，拥护中央。蒋介石大喜过望，立即复电韩复榘，令其指挥所有驻陕甘宁部队，委任石友三为讨逆军第十三路总指挥，并送现款500万元作为犒赏。“银弹”的威力迅速见效，5天后冯玉祥被迫宣布下野。