很显然，杨廷熙不过是一个“微末小臣”，根本不值得朝廷如此大张挞伐。因此，这份谕旨绝不仅仅只是在痛斥杨廷熙，而是“醉翁之意不在酒”，其真正的矛头明显是倭仁等更高级别的官员。

对此，该份上谕并不隐讳，甚至公开追问杨廷熙的这个上疏是不是有倭仁在背后授意唆使！明确指出：“如系倭仁授意，其心固不可问；即未与闻，而党授门户之风从此而开，于世道人心大有关系。”（见上书）

从这道上谕的语气来看，虽然并没有一口咬定倭仁就是杨廷熙事件背后的直接指使者，但两宫皇太后的板子很显然地还是打在了倭仁的屁股上面。

正是因为在这份谕旨中明白无误地宣示了慈禧等两宫皇太后对于开设同文馆的坚决支持态度，所以这场历时四个月之久的天文、算学馆之争，才以顽固派的失败而画上了句号。

京师同文馆得以继续招生运营。