1936年夏天，侯仁之本科毕业，获得文学士学位，并继续留校攻读硕士。同时，他被担任历史系主任的顾颉刚聘为系主任助理。第二年，卢沟桥事变爆发，日寇占领北平，积极宣传抗日的顾颉刚被迫逃亡。侯仁之的学业还要继续，便转为洪业老师的研究生。

当时，侯仁之的兴趣已经从历史学转向了地理学，洪业老师发现了这一点，不仅给予积极的支持，还建议他去英国的利物浦大学专攻地理学。

然而，由于欧洲战争的爆发，侯仁之未能如期成行。任教之余，他还被校长司徒雷登任命为辅导委员会的副主席；担任主席的，是美籍教授夏仁德。。

那时，尽管日寇占领了北平，但由于燕京大学是美国教会创办的学校，因此还能保持相对的平静。司徒雷登和夏仁德虽然是美国人，但都坚决支持中国人民的抗日斗争。侯仁之在配合夏仁德工作的同时，进行了一项更为重要的工作：秘密协助爱国学生通过各种途径前往解放区或大后方，这项工作得到司徒雷登的大力帮助。据侯仁之回忆，在中共地下党的安排下，仅经他负责联系而前往解放区的学生便有三批。

1941年12月7日，日本偷袭珍珠港，那是北平的12月8日凌晨。当天，燕京大学被封，学生驱赶出校。紧接着，司徒雷登、夏仁德、洪业等二十余名教师和学生相继被捕。侯仁之本已避往天津岳父家，也被押回北平。

他们先是被关在位于沙滩的原北大红楼。与侯仁之同牢的是燕京大学学生孙以亮──即后来的著名电影表演艺术家孙道临。一个多月后，因为日寇找不到更重的罪名，学生们获得释放，而侯仁之等11位燕大教职员提被转移到炮局胡同的陆军监狱继续关押。

牢狱生活残酷而艰苦，年老体弱的邓之诚老师因冻饿致病，侯仁之偷偷调换铺位，移到邓之诚旁边，把自己的衣服给老师盖上御寒，晚上则紧紧地贴在老师身边，用自己的体温温暖老师。