1989年威尔士人托沙克成为皇马的新主帅，在他的率领下皇马当季38轮西甲打进了令人恐惧的107球，被人们称为“蚂蚁”的乌戈·桑切斯也成为了皇马历史上最为高效的射手之一，当季打入38球的墨西哥人也创造了西甲射手进球数的新纪录，托沙克执教时期皇马新人涌现，当时年仅21岁的耶罗就在1989年加盟球队，但随着“五鹰”时代的终结，皇马再次陷入了一段小小的低潮期。

整个20世纪90年代前半段的西甲被克鲁伊夫麾下的巴萨“梦之队”所统治，直到1994年，回归皇马的阿根廷人巴尔达诺提拔了年轻的劳尔，从巴萨挖来了丹麦天才球星大劳德鲁普，这些都被认为是颠覆巴塞罗那的重要手段，在1995年1月7日的伯纳乌，萨莫拉诺的帽子戏法帮助皇马以5比0羞辱了巴萨，整整旁落4年之久的西甲联赛冠军终于重新回到了伯纳乌。

而在经历了一无所获的一个赛季之后，1996年意大利人卡佩罗来到了皇马，性格强硬的主教练帮助球队击败了拥有罗纳尔多的巴塞罗那再次夺回西甲冠军，但卡佩罗与球队中众多大牌球星的关系也发展到了水火不容的程度，随着球队主席桑斯的权力危机，卡佩罗失去了最后的支持者，只得挂冠而去。

德国人海因克斯是皇马历史上执教时间比较短暂的主帅，如果不是他为俱乐部时隔32年后重新夺回欧洲冠军杯，很可能会被人们当作一位历史的过客，但凭借苏克尔、米亚托维奇和劳尔组成的攻击线，1998年的皇马终于和意大利巨人尤文图斯会师冠军杯决赛，最终米亚托维奇的进球帮助皇马获胜，球队历史上第7次捧起了大耳朵杯。