义师至新林，仙琕犹持兵于江西，日钞运漕，建康城陷，仙琕号哭经宿，乃解兵归罪。高祖劳之曰：“射钩斩袪，昔人弗忌。卿勿以戮使断运，苟自嫌绝也。”仙琕谢曰：“小人如失主犬，后主饲之，便复为用。”高祖笑而美之。俄而仙琕母卒，高祖知其贫，赙给甚厚。仙琕号泣，谓弟仲艾曰：“蒙大造之恩，未获上报。今复荷殊泽，当与尔以心力自效耳。”

天监四年，王师北讨，仙琕每战，勇冠三军，当其冲者，莫不摧破。与诸将论议，口未尝言功。人问其故，仙琕曰：“丈夫为时所知，当进不求名，退不逃罪，乃平生愿也。何功可论！”授辅国将军、宋安、安蛮二郡太守，迁南义阳太守。累破山蛮，郡境清谧。以功封浛洭县伯，邑四百户，仍迁都督司州诸军事、司州刺史，辅国将军如故。俄进号贞威将军。

魏豫州人白皂生杀其刺史琅邪王司马庆曾，自号平北将军，推乡人胡逊为刺史，以悬瓠来降。高祖使仙琕赴之，又遣直阁将军武会超、马广率众为援。仙琕进顿楚王城，遣副将齐苟儿以兵二千助守悬瓠。魏中山王元英率众十万攻悬瓠，仙琕遣广、会超等守三关。十二月，英破悬瓠，执齐苟儿，遂进攻马广，又破广，生擒之，送雒阳。仙琕不能救。会超等亦相次退散，魏军遂进据三关。仙琕坐征还，为云骑将军。出为仁威司马，府主豫章王转号云麾，复为司马，加振远将军。

十年，朐山民杀琅邪太守刘晣，以城降魏，诏假仙琕节，讨之。魏徐州刺史卢昶以众十余万赴焉。