至是说元起曰：“益州乱离已久，公私府库必多秏失，刘益州临归空竭，岂办复能远遣候递。道琛请先使检校，缘路奉迎；不然，万里资粮，未易可得。”元起许之。道琛既至，言语不恭，又历造府州人士，见器物辄夺之，有不获者，语曰：“会当属人，何须苦惜。”于是军府大惧，谓元起至必诛季连，祸及党与，竞言之于季连。季连亦以为然；又恶昔之不礼元起也，益愤懑。司马朱士略说季连，求为巴西郡，留三子为质，季连许之。顷之，季连遂召佐史，矫称齐宣德皇后令，聚兵复反，收朱道琛杀之。书报朱士略，兼召李膺。膺、士略并不受使。使归，元起收兵于巴西以待之，季连诛士略三子。

天监元年六月，元起至巴西，季连遣其将李奉伯等拒战。兵交，互有得失，久之，奉伯乃败退还成都。季连驱略居人，闭城固守。元起稍进围之。是冬，季连城局参军江希之等谋以城降，不果，季连诛之。蜀中丧乱已二年矣，城中食尽，升米三千，亦无所籴，饿死者相枕。其无亲党者，又杀而食之。季连食粥累月，饥窘无计。二年正月，高祖遣主书赵景悦宣诏降季连，季连肉袒请罪。元起迁季连于城外，俄而造焉，待之以礼。季连谢曰：“早知如此，岂有前日之事。”元起诛李奉伯并诸渠帅，送季连还京师。季连将发，人莫之视，惟龚惬送焉。初，元起在道，惧事不集，无以为赏，士之至者，皆许以辟命，于是受别驾、治中檄者，将二千人。季连既至，诣阙谢，高祖引见之。季连自东掖门入，数步一稽颡，以至高祖前。