基督教会也受到攻击和劫掠。葛林和太太露丝的一些传教士友人在“仅有蔽体衣物”之下逃往长沙。一月二十六日，美国驻长沙领事范宣德（John Carter Vincent）力劝葛林和四个子女夜里秘密前往一艘拖船，它会带他们往下游去找另一艘英国邮轮。葛林一家人遂在学校医学院学生协助下顺利在午夜逃亡，但誓言一定会回来。

中共中央试图阻止在农村这些太早漏出痕迹的过当行为，却不成功。苏联在湖南的军事顾问对这些贫下农民攻打有土地的乡绅以及革命军，忧心忡忡。许多集团军司令官事实上罢黜共产党籍的政工，换上非共产党籍的政工，弹压贫农暴动及退还没收的土地。

一九二六年底，蒋介石控制了从广西、越南边界起，往西至四川（当地军阀已正式加入革命）、往北到达长江的武汉，往东到闽北这一大片土地。蒋这段时期令人意外大败军阀一直被归因于“民众自发起义，使国民党部队顺势占领”业已夺下的地方。66但当时中国的报纸，不分中外文，都形容民众对革命军的支持是“散乱、随其兴之所至，且不积极的”。北伐之所以能以一当十，主要原因是革命军军纪良好。蒋不久即把军事总部移到南昌。

同时在广州方面，国民党中执会的自由派，包括宋庆龄、宋子文姐弟，担心蒋军功彪炳、声望日升，无可避免会建立军事独裁。让他们忧虑的是，蒋在中山舰事件之后紧接着的动作，如当选为中执会主席，以及继续把中共党员清出国民党各级机关和部门。蒋了解反共的各集团军司令官也忌惮他取得独裁掌控，因此，蒋并没有进一步巩固自己权力的动作。国民党左派再结合中共党员，此刻掌控了中执会；十月间，中执会通过决议案，对蒋在中山舰事件之后进行政治权力的集中，暗暗地表达不满。甚且，十一月间，它又表决将中执会和国民党中央移到武汉，就近掌握北伐情势，而且当地环境也较有利于工会。蒋在日记里起先欢迎国民党党中央北迁，可能是不想扩大间隙。

两个月之后，国民党内亲蒋、非共派在江西庐山集会。庐山是江西省的山区度假圣地，雄峙长江南岸。蒋再次为了消除各方对他个人野心的忧虑，在会中附议一项提案，解除自己中执委主席的职位，并如早先的作为，呼吁汪精卫回国，恢复与党的关系。或许这些动作被批太假惺惺，但从他的日记和脾气判断，他可能希望妥协可使国民党内非共人士包含汪在内能够团结——这是设法抑制共产党势力之前必需的一步。他在日记写下，他急欲攻下“长江下游”，稳住武汉，并发展经济。

一月十一日，他又以一项大胆行动表白他的诚意——亲赴武汉，把自己交到国民党左派人士和共产党人的手里，试图说服中执会迁到南昌。鲍罗廷在中执委欢迎蒋的接待会上，几番暗讽独裁者和追求权力的军阀。鲍罗廷“几乎当下”就怕说得太过火。不久之后，这个苏联代表发信给李宗仁，建议李取而代之，出任北伐军总司令。李担心若逼蒋这位国民党新领导人下台，中共会乘虚而入，予以拒绝。由于他痛恨共产党，也为了自保以防鲍罗廷的信遭到拦截，李极有可能向蒋报告此一接触。此时蒋十分忧心，一连几天失眠，四度在日记中吐露了自杀的念头，希望以死明志，“使全国同胞起而自救其危亡”。二月一日，他写下：“决将政府迁移武昌也。”但是，只要鲍罗廷还在中国——他的“奸邪”难以言喻——蒋似乎就不可能这么做。此时，革命军通往上海之路已经打开。武汉国民党党中央、共产党和苏联顾问都希望北伐军北上，和冯玉祥部队联手。从冯玉祥最近访问莫斯科的言行声明来分析，他应该已坚定站到国民党左翼立场。可是，蒋坚持革命军先取南京、上海，因为新的国民政府就可定都南京，直接取得上海巨大的财金资源，甚至外国的承认。庐山会议赞同蒋的策略。但是，一九二七年五月一日，武汉中执会正式把蒋纳入它新改组的军事委员会节制之下。会议亦把蒋的重要党职移交给不在国内的汪精卫，同时发布秘密命令要逮捕蒋。陈果夫可能事先得知此一密令，蒋极可能此时下定决心必须清共。