希特勒在日本施压下，终于推翻手下参谋本部的亲中立场，召回德国顾问团，停止一切武器销售给蒋介石。可是，有七位反纳粹的德国军官辞职，留在中国。有位不在正式顾问之列的德国前任情报官员斯坦纳斯（Walther Stennes），曾任褐衫队柏林领导人，于一九三一年起事反希特勒失败，逃出集中营后辗转来到中国——至少他自己是这么说的。他成为“顾问”，实际上是蒋介石的卫队长，颇得宋美龄宠信。日后，他身份曝光，竟是苏联克格勃特务。

一九三八年夏天异常炎热，长江水位在此季节一向很高。日本巡弋舰得以沿江而上，短距离内炮轰中方阵地。日军有时候使用毒气瓦斯，逐一攻击中方据点，屠杀不少平民。日本人花了三个星期，才推进十六公里。同时，数以千计的中国人依然千辛万苦把数千艘载货艇筏拉过三峡急流。到了九月底，日军终于越过黄河泛滥区，从北边进犯武汉。此时谣言又起，也不晓得是出自中共还是蒋本人，传说委员长可能和日本缔结和约；斯大林急电蒋介石，宣称更多援助将要起程，包括足够六十个师的装备，以及追加五百架战斗机。

毛泽东公开场合颂扬“国民党光荣的未来”，但在中共中央政治局的内部会议里却强调大家别忘了共产党要夺权，唯一的路子是武装斗争。他重申：“枪杆子底下出政权。”会后，周恩来十月五日回到武汉，带了一封毛泽东的亲笔信给蒋，赞扬蒋的“指导全民族进行空前伟大的民族革命战争”，和“国共两党，休戚与共，亦即长期战争与长期团结之重要关节”。但是蒋晓得毛在冷嘲热讽。如果他需要证明的话，张国焘已在四月间脱离共产党，来到武汉，有可能是亲向蒋介石报告：毛泽东意图利用抗战和统一战线心怀不轨——扩大中共军事力量和基地，以备和国民党最后对决。

蒋依旧担心——不仅担心中共的口是心非，也担心中共党员高明的政治技巧和动力。他写下：“共产党因其共产国际百年来之秘密活动，顾其纪律最严，方法最精，为任何党派所不及。”同时，蒋对国民党同志的批评益发严厉。他说“大部分”同志已变成“特殊阶级”，争权夺利。他叹息，这一切已使得“群众”与本党“为敌”。

蒋氏一九四九年退到台湾之后，仍不时在日记中写下此一令他沮丧的比较。蒋痛恨中共的意识形态、阶级斗争的手段，以及唯命是从听从莫斯科的指挥；但是他也佩服中共士兵、干部的理想主义、精神和专注，这都是国民党同志欠缺的特质。反映出他对本党同志这份深刻的悲观，蒋在一九三八年数度向周恩来提起，国民党和共产党合并为一个新政党——条件是毛、周出国。他甚至很严肃地提议，国共合并后，中共不需要正式解散，国民党可以加入共产国际。毛的回答是，建议共产党员如二十年代往例，以个人身份加入国民党。最后，双方都无法作出此一极其重大的妥协。数星期后，周恩来终于告诉蒋，这个主意行不通。从这里又可以看出来，蒋不是坚持意识形态、食古不化的人，也不是强烈的保守派。事实上，他是个左派儒家，只要共产国际不来指挥他如何治理中国，他也可以接受反帝国主义的共产国际。 抗战开始了约一年半，中、日双方仍未正式宣战；武汉也仍在中方控制下。但是，十月底，日军增兵已达到警戒状态，力守武汉北侧的李宗仁被迫把部队撤退到山区。蒋下令摧毁城里一切堪用设施或工厂，守军和政府人员秩序井然地撤退。十月二十四日上午，蒋通过无线电话对高级将领及文职部属下达撤退令。每个部属都说，总司令不走，他们也不走。蒋回答说：“不，你们先走，我立刻就走。”